Самоводене и други проблемни теми

[avtohton.org]

Софтуерът, който ползвам аз, е https://github.com/apriha/lineage Авторите на статията за пиктите са ползвали https://faculty.washington.edu/browning ... d-ibd.html

Сега конвертирах и Самоводенеца. Резултати в следващия пост.

Автохоне, заинтригуваха ме тия резултати с IBD. Пробвах се да подкарам lineage софтуера, и почти тръгна, но даде едни грешки при свалянето на пробите. (нещо SSL сертификата ) Другия софтуер с Джавата ми тръгна по-лесно, но и там трябва да се конвертират данните, а при по-голям брой индивиди може да си отнеме и цял ден само да се конвертират данни. При теб как сработи lineage ?
На python хич ме няма и там само пробвам - или тръгва или не. И като не тръгне директно го отписвам.
С джавата още отпреди бях подкарал една част. С малко търпение и може да се ползва.

ПП. тия продукти ползват данни във формат vcf, съответно трябва да се прави конвертиране за да се подадат данните.

Аз ползвам предимно Python, подкарах lineage без проблеми.

За lineage конвертирам от Eigenstrat към 23andme формат. Той работи и с другите формати на фирмите като Myheritage и т.н., но за съжаление не работи с Eigenstrat. Имам доста дълъг python скрипт, който конвертира всички нужни индивиди, за да ги сравни. Конвертиране на един индивид отнема около минута, сравнение за намиране на общи сегменти отнема около 10 секунди. Като цяло е времеемко. Не вярвам mytrueancestry да сравняват с всички древни проби. Предполагам, че избират само проби, близки по PCA, и после търсят общи сегменти с тях.

[avtohton.org]

Пробвах го и аз този сайт. Сложих данните на мой родственик.

Имай предвид, че

* Самоводенецът изглежда е предимно наследник на балканци, така че е нормално да намира общи сегменти. Аз съм качвал там много българи и един босненски мюсюлманин, бошнякът излезе най-близък. Но почти всички българи имат нещо общо с него.

* Броят общи снипове не е идеален показател за близост. Някои проби имат по-малко снипове запазени, други повече. По-добър индикатор е текстът "You are 99℅ [например] closer than other users". Бошнякът беше 99℅ по-близо.

* Аз съм се тествал с Dante Labs и с Myheritage. От Dante имам много повече снипове, така че с този тест излизам по-близък до пробите, отколкото с теста от Myheritage. Например при една проба от България около 2500 г. пр. Хр. бях топ 1 най-близък (златен медал) с теста от Данте, а с теста от MyHeritage бях по-назад.

* Сегментите, при които съвпадаме, се различават между теста от Dante и теста от Myheritage.

* С lineage не можах да намеря същите съвпадащи сегменти, които ми показва mytrueancestry.

[Tantin]

Пробвах го и аз този сайт. Сложих данните на мой родственик.

Имай предвид, че

* Самоводенецът изглежда е предимно наследник на балканци, така че е нормално да намира общи сегменти. Аз съм качвал там много българи и един босненски мюсюлманин, бошнякът излезе най-близък. Но почти всички българи имат нещо общо с него.

* Броят общи снипове не е идеален показател за близост. Някои проби имат по-малко снипове запазени, други повече. По-добър индикатор е текстът "You are 99℅ [например] closer than other users". Бошнякът беше 99℅ по-близо.

* Аз съм се тествал с Dante Labs и с Myheritage. От Dante имам много повече снипове, така че с този тест излизам по-близък до пробите, отколкото с теста от Myheritage. Например при една проба от България около 2500 г. пр. Хр. бях топ 1 най-близък (златен медал) с теста от Данте, а с теста от MyHeritage бях по-назад.

* Сегментите, при които съвпадаме, се различават между теста от Dante и теста от Myheritage.

* С lineage не можах да намеря същите съвпадащи сегменти, които ми показва mytrueancestry.

Мерси за съветите. Значи и този софтуер с Питон почти тръгна. Но докато се оправя с конвертирането/ и с командите ще ми отнеме време. Видях че той си върви в комплект с друг софтуер под Питон snps. Което е интересно да се види по нататък.
И аз останах със същото впечатление: тези от Myheritage гледат кои са най-близко по ПСА и съответно гледат по тях IBD или общи снипове. Все пак резултатите дето те показват са доста интересни.
Моя човек има по-близка връзка с хора от Унгария отколкото с Балканския неолит. Връзките с германци-готи дето са скитосвали по Балканите са също интересни.
Предстои ми да се позабавлявам с тия инструментчета да видим какво друго интересно ще излезе.
Можеш ли да шеърваш малко скриптчета как си подготвяш данните за lineage ? Виждам че се слагат в /resources фолдера и от там се обработват. Аз примерно сложих vcf файл с 20-тина индивида и програмата си го разчита, но от там нататък имам разминаване с инструкциите по ползването и нещо за момента ми идва в достатъчно.

[avtohton.org]

Моя човек има по-близка връзка с хора от Унгария отколкото с Балканския неолит. Връзките с германци-готи дето са скитосвали по Балканите са също интересни.

Всички имат връзка най-вече с хора от Унгария, понеже от там има най-много проби.

Балканският неолит не включва ямненци, така че е нормално да сме по-далеч от тях на PCA.

Предстои ми да се позабавлявам с тия инструментчета да видим какво друго интересно ще излезе.
Можеш ли да шеърваш малко скриптчета как си подготвяш данните за lineage ? Виждам че се слагат в /resources фолдера и от там се обработват. Аз примерно сложих vcf файл с 20-тина индивида и програмата си го разчита, но от там нататък имам разминаване с инструкциите по ползването и нещо за момента ми идва в достатъчно.

Ето кодът, който ползвах, за да изпробвам възможностите. Всъщност нищо друго не ползвам. Само две функции: create_individual и find_shared_dna.

Код за потвърждение: Избери целия код

#%%
from lineage import Lineage
import logging, sys
logger = logging.getLogger()
logger.setLevel(logging.INFO)
logger.addHandler(logging.StreamHandler(sys.stdout))

# %%
l = Lineage()

# %%
paths = l.download_example_datasets()

# %%
user662 = l.create_individual('User662', ['resources/662.23andme.340.txt.gz', 'resources/662.ftdna-illumina.341.csv.gz'])

# %%
print(len(user662.discrepant_merge_genotypes))
print(user662.build)
print(user662.assembly)
print(user662.count)

#%%
user663 = l.create_individual('User663', 'resources/663.23andme.305.txt.gz')
discordant_snps = l.find_discordant_snps(user662, user663, save_output=True)

#%%
print(len(discordant_snps.loc[discordant_snps['chrom'] != 'MT']))

#%%
results = l.find_shared_dna([user662, user663], cM_threshold=0.75, snp_threshold=1100)

#%%
print(sorted(results.keys()))
print(len(results['one_chrom_shared_dna']))

# %%
user4583 = l.create_individual('User4583', 'resources/4583.ftdna-illumina.3482.csv.gz')
user4584 = l.create_individual('User4584', 'resources/4584.ftdna-illumina.3483.csv.gz')
results = l.find_shared_dna([user4583, user4584], shared_genes=True, genetic_map="CEU")

# %%
print(len(results['two_chrom_shared_genes']))

[Tantin]

Благодаря Автохон за кода.
Може да се каже че го подкарах, но ми се вижда пак трудоемък. При мен тази част със свалянето на ген.данни не сработва заради някакъв ССЛ сертификат. Отделно че трябва тестваните индивиди да се конвертират. Аз успях да подкарам другия код, който работи под Джава, но пък там имам затруднения с визуализирането като heatmap.
Въобще тази работа с ibd е интересна, но е по-трудоемко. И затова много малък брой хора в момента го правят. На сайта на myancestry изглежда лесно и достъпно, но пък там не знаем много за алгоритъма и критериите как го правят.
Докато се пробвах с heatmap успях да си подкарам скрипт с Ф3 дето да ми дава heatmap за дадени групи. Същото го обясняваше как се прави и Южняка.
Подобно на тоя:

[Tantin]

Скрито съдържание

Изисква се да бъдете регистрирани за да видите това съдържание.

Ето генерираната графика с участието на Самоводене:

[avtohton.org]

Докато се пробвах с heatmap успях да си подкарам скрипт с Ф3 дето да ми дава heatmap за дадени групи. Същото го обясняваше как се прави и Южняка.

Благодаря за кода. Пробвах го, но според мен не е информативен.

Винаги е добре преди да почнем да умуваме над някакви нови резултати, да проверим какви са резултатите за народи, за които знаем какво да очакваме.

Пробвах кода с "Bulgaria_Medieval", "Bulgarian.HO", "Basque.HO", "Norwegian.HO". Средновековните българи излизат по-близки и до баски, и до норвежци, отколкото до съвременни българи.

Код:

Код за потвърждение: Избери целия код

### from https://www.eupedia.com/forum/threads/r-scripts-for-admixtools-2-nganasankhan-from-anthrogenica.41493/
library(tidyverse)
library(admixtools)
library(pheatmap)
library(colorspace) # for hex
library(vegan) # for reorder.hclust

p1="Yoruba.HO"
#p2=c("Nganasan","Russia_HG_Karelia","Norway_N_HG.SG","Turkey_N","Russia_HG_Tyumen","Han","Estonia_CordedWare","Russia_Bolshoy","Luxembourg_Loschbour","Russia_Samara_EBA_Yamnaya","Georgia_Kotias.SG","Finnish","Finland_Levanluhta","Russia_Shamanka_Eneolithic.SG")
p2=c("Bulgaria_Medieval", "Bulgarian.HO", "Basque.HO", "Norwegian.HO")

## Според това кои данни ползвате, настройвате си работната директория и файла с гено-данните:
f3=f3(genotype_data,p1,p2,p2)

t=f3%>%select(pop2,pop3,est)%>%pivot_wider(names_from=pop2,values_from=est)%>%data.frame(row.names=1)
print(t)

diag(t)=NA # don't show the f3 values of populations with themselves in order to not stretch the color scale

pheatmap (
t,filename="/home/nik/Desktop/EIG-master/genes/v54.1_HO_public/a.png",
display_numbers=apply(t,1,function(x)sub("^0","",sprintf("%.3f",x))),
legend=F,border_color=NA,cellwidth=16,cellheight=16,fontsize=8,fontsize_number=7,number_color="black",
# breaks=seq(.160,.190,.03/256), # use fixed limits for color scale
colorRampPalette(hex(HSV(c(210,170,120,60,40,20,0),.5,1)))(256)
)

Резултат без "преоразмеряване":

Код за потвърждение: Избери целия код

                  Bulgaria_Medieval Bulgarian.HO Basque.HO Norwegian.HO
Bulgaria_Medieval         0.4674826    0.1652172 0.1668340    0.1670607
Bulgarian.HO              0.1652172    0.1882340 0.1670990    0.1669840
Basque.HO                 0.1668340    0.1670990 0.1850178    0.1706229
Norwegian.HO              0.1670607    0.1669840 0.1706229    0.1943742

С графика и преоразмеряване:

[avtohton.org]

Ако вместо outgroup f3 ползваме стандарта - fst/f2, резултатите са много по-информативни:

Код за потвърждение: Избери целия код

library(tidyverse)
library(admixtools)
library(pheatmap)
library(colorspace) # for hex
library(vegan) # for reorder.hclust

p2=c("Bulgaria_Medieval", "Bulgarian.HO", "Basque.HO", "Norwegian.HO")

## Според това кои данни ползвате, настройвате си работната директория и файла с гено-данните:

#fst версия
results=fst(genotype_data,p2,p2, verbose = TRUE)
print(results)
t=results%>%select(pop1,pop2,est)%>%pivot_wider(names_from=pop1,values_from=est)%>%data.frame(row.names=1)
print(t)

diag(t)=NA # don't show the f3 values of populations with themselves in order to not stretch the color scale

pheatmap (
t,filename="/home/nik/Desktop/EIG-master/genes/v54.1_HO_public/a.png",
display_numbers=apply(t,1,function(x)sub("^0","",sprintf("%.3f",x))),
legend=F,border_color=NA,cellwidth=16,cellheight=16,fontsize=8,fontsize_number=7,number_color="black",
# breaks=seq(.160,.190,.03/256), # use fixed limits for color scale
colorRampPalette(hex(HSV(c(210,170,120,60,40,20,0),.5,1)))(256)
)

Напомням, че по-ниско число тук значи по-голяма близост, съответно Bulgaria_Medieval са най-близки до Bulgarian.HO:

[avtohton.org]

След като вече установихме как да ползваме визуализацията, ето нещо интересно: сравняваме Serbia_Mokrin_EBA_Maros.SG (ранна бронзова епоха) и Macedonia_IA (желязна епоха) с 45 съвременни популации, и откриваме, че Bulgarian.HO са най-близки. По-близки до българи отколкото до албанци, гърци, кипърци и критяни. Оглушителното мълчание по този факт, който е елементарен за установяване, ме подтикна да започна блога си. Между другото, благодаря на теб и Кухулин за добрите думи, че съм започнал да правя добри анализи в последно време, но искам да отбележа, че аз правех абсолютно същите анализи още преди да започна блога си и преди да запишем първия подкаст за otizvora.com.

Код за потвърждение: Избери целия код

library(tidyverse)
library(admixtools)
library(pheatmap)
library(colorspace) # for hex
library(vegan) # for reorder.hclust

modern_pops <- c('Bulgarian.HO', 'Albanian.HO', 'Czech.HO','Kalash.HO','Cretan.DG','Iran_Fars.HO','Iran_Zoroastrian.HO','Karachai.HO','Altaian.HO','Evenk_FarEast.HO','Icelandic.HO','English.HO','Azeri.HO','Bashkir.HO','Circassian.HO','Gagauz.HO','Kabardinian.HO','Karakalpak.HO','Kazakh.HO','Mordovian.HO','Moldavian.HO','Mongol.HO','Russian.HO','Tatar_Kazan.HO','Chuvash.HO','Ukrainian.HO','Sindhi_Pakistan.HO','Kalash.HO','French.HO','Druze.HO','Sardinian.HO','Palestinian.HO','Han.HO','Italian_North.HO','Oroqen.HO','Basque.HO','Greek.HO','Hungarian.HO','Spanish.HO','Croatian.HO','Norwegian.HO','Cypriot.HO','Lebanese_Christian.HO','Assyrian.HO','Turkish.HO','Polish.DG','Romanian.HO')
p2=c("Macedonia_IA", "Serbia_Mokrin_EBA_Maros.SG", modern_pops)

## Според това кои данни ползвате, настройвате си работната директория и файла с гено-данните:

#fst версия
results=fst(genotype_data,p2,p2, verbose = TRUE)
print(results)
t=results%>%select(pop1,pop2,est)%>%pivot_wider(names_from=pop1,values_from=est)%>%data.frame(row.names=1)
print(t)

diag(t)=NA # don't show the f2 values of populations with themselves in order to not stretch the color scale

pheatmap (
t,filename="/home/nik/Desktop/EIG-master/genes/v54.1_HO_public/a.png",
display_numbers=apply(t,1,function(x)sub("^0","",sprintf("%.3f",x))),
legend=F,border_color=NA,cellwidth=16,cellheight=16,fontsize=8,fontsize_number=7,number_color="black",
# breaks=seq(.160,.190,.03/256), # use fixed limits for color scale
colorRampPalette(hex(HSV(c(210,170,120,60,40,20,0),.5,1)))(256)
)

[Tantin]

За по-сериозни анализи за предпочитане да се ползва другата база. Не _HO.
_HO е само с 500 к снипа, докато другата са почти милион и 200 хил.
Но пък съвременните народи са в леката база _HO.
Сравненията между стари проби и съвременните е малко рискова работа. Първо, щото сканираните снипове са добити по различни начини. Второто - дето току що го казах: по новите проби се сканират само малка част . . Третото: съвременните проби са хетерозиготни, докато повечето древни са хомозиготни. Това третото нека генетици го разясняват.
Аз с мои думи така бих го обяснил: при старите популации има много повече кръвосмешение, хората са се женели повече в тесен кръг, с роднини.
Съвременните народи вече се избягва кръвосмешение.

От там тези различия водят до доста големи отмествания в гено данните. Да се правят големи изводи на база 2-3 проби е не само несигурно, ами и некоректно. Затова каквито и изводи да правим трябва да подхождаме внимателно и в рамките на това което наблюдаваме, в рамките на това което сме изследвали. Генерални обобщения на база 1/ 10 000 000 ? Не става. От тоя 1 човек няма как да кажем какви са другите 10 милиона.

[avtohton.org]

За по-сериозни анализи за предпочитане да се ползва другата база. Не _HO.
_HO е само с 500 к снипа, докато другата са почти милион и 200 хил.
Но пък съвременните народи са в леката база _HO.
Сравненията между стари проби и съвременните е малко рискова работа. Първо, щото сканираните снипове са добити по различни начини. Второто - дето току що го казах: по новите проби се сканират само малка част . .

Имам чувството, че тая логика си я прихванал от Южняка, понеже той упорито ползва базата данни с двама българи и 1.2 млн снипа. Логиката е грешна, понеже 600 000 снипа не са "малка част" от сниповете. Това са специално подбрани снипове, които често са различни между народите, т.е. са информативни за произход. Сниповете са избрани специално от Райк и Патерсън. Странно е, че за твоите "по-сериозни анализи" не стават, понеже аз никога не съм получил различни резултати между "по-леката" и "по-тежката" база. Може да демонстрираш тука някой такъв случай как сниповете на Райк и Патерсън не стават за сериозни анализи.

От там тези различия водят до доста големи отмествания в гено данните. Да се правят големи изводи на база 2-3 проби е не само несигурно, ами и некоректно. Затова каквито и изводи да правим трябва да подхождаме внимателно и в рамките на това което наблюдаваме, в рамките на това което сме изследвали. Генерални обобщения на база 1/ 10 000 000 ? Не става. От тоя 1 човек няма как да кажем какви са другите 10 милиона.

Абсолютно. За наше щастие, Macedonia_IA са 13 индивида, Serbia_Mokrin_EBA_Maros.SG са 17 индивида. Така че можем да откъснем за момент вниманието си от единичния самоводенски екземпляр и единичния ростовски тяншански хун и да се насочим към по-обемните данни. Можем да добавим и Montenegro_MLBA с 10 индивида.

[Tantin]

Имам чувството, че тая логика си я прихванал от Южняка, понеже той упорито ползва базата данни с двама българи и 1.2 млн снипа. Логиката е грешна, понеже 600 000 снипа не са "малка част" от сниповете. Това са специално подбрани снипове, които често са различни между народите, т.е. са информативни за произход. Сниповете са избрани специално от Райк и Патерсън. Странно е, че за твоите "по-сериозни анализи" не стават, понеже аз никога не съм получил различни резултати между "по-леката" и "по-тежката" база. Може да демонстрираш тука някой такъв случай как сниповете на Райк и Патерсън не стават за сериозни анализи.

Почти нищо не съм прихванал от Южняка, понеже той рядко споделя скриптовете си. А и с него е много трудно да се води какъвто и да е разговор. Ако се опиташ да му кажеш нещо - той все ще гледа да те уязви или смачка.
Но да речем че имаше едни параметри дето Южняка каза как да се ползват. Примерно при Ф3 статистиките може да изчисляваш само по снипове които да са представени и при двете тествани групи (или цялата извадка). В много случаи броя на сниповете пада застрашително. При конкретните случаи е добре да се гледа резултата на базата на какъв брой снипове е получен. Тоест ти може да ползваш обеднената база _НО и пак да имаш достатъчно снипове. Може да ползваш и тежката база и пак да не се случи достатъчно засичане между 2 групи.
Аз повече съм си играл да правя сравнения между конкретни индивиди и по-малко съм ползвал тия сравнения между големите популации. За мойте цели тежката база ми върши повече работа. За това дето ти гледаш естествено ще ползваш _НО базата, щото в другата почти няма какво да гледаш по съвременните .

[Кухулин 2.0]

След като вече установихме как да ползваме визуализацията, ето нещо интересно: сравняваме Serbia_Mokrin_EBA_Maros.SG (ранна бронзова епоха) и Macedonia_IA (желязна епоха) с 45 съвременни популации, и откриваме, че Bulgarian.HO са най-близки. По-близки до българи отколкото до албанци, гърци, кипърци и критяни. Оглушителното мълчание по този факт, който е елементарен за установяване, ме подтикна да започна блога си.

Че са близки - близки са, но не са идентични. Тези разлики трябва да се обяснят по същия начин, както и приликите.

Колкото до Fst, тази статистика е много чувствителна към количеството и качеството на пробите. Ето твоят пример с включен Ряховец:



Иначе в ф3 някои европейски популации наистина дават много близки стойности с българите. Ти виж литовците Явно е някакъв тежък микс от неолит и Ямна, който ни доближава. Но лично аз не съм разучавал въпроса специално.

[Кухулин 2.0]

Освен това гледам, че пускаш ф3 директно от генофайла, а не през блоковете. Стойностите се кривят по тоя начин.

[avtohton.org]

Колкото до Fst, тази статистика е много чувствителна към количеството и качеството на пробите. Ето твоят пример с включен Ряховец:

Така е, сам пишеш, че тази статистика е много чувствителна към количеството на пробите. С една-две проби резултатът е по-висок, като добавяш проби намалява. Твоят Bulgaria_Medieval_Ryahovets е 1 проба, предполагам. Както писах и на Тантин - за наше щастие, Macedonia_IA са 13 индивида, Serbia_Mokrin_EBA_Maros.SG са 17 индивида.

Че са близки - близки са, но не са идентични. Тези разлики трябва да се обяснят по същия начин, както и приликите.

Да, хайде да видим защо албанците и гърците не са идентични с древните македонци. Имаш ли идея как да го установим? Аз имам, ще пусна някои изчисления.

[avtohton.org]

Освен това гледам, че пускаш ф3 директно от генофайла, а не през блоковете. Стойностите се кривят по тоя начин.

Предполагам искаш да кажеш, че е трябвало да ползвам maxmiss = 1. Съгласен съм, но f3 пусах според кода, който ми изпрати Тантин. Сега пуснах с maxmiss = 1. така средновековните двама българи излизат еднакво близки до съвременни българи, баски и норвежци -

[Кухулин 2.0]

Да, хайде да видим защо албанците и гърците не са идентични с древните македонци. Имаш ли идея как да го установим? Аз имам, ще пусна някои изчисления.

Идеята е ясна - да се види в коя посока се отдалечават на плотовете. Ако е чист дрифт, няма да има ясен статистически резултат. Би било интересно да видим твоите сметки. Впрочем, би било интересно да видим също DATES върху македоснкото желязо и викингите от другата тема, стига да не те затруднява.

[Кухулин 2.0]

Предполагам искаш да кажеш, че е трябвало да ползвам maxmiss = 1. Съгласен съм, но f3 пусах според кода, който ми изпрати Тантин. Сега пуснах с maxmiss = 1. така средновековните двама българи излизат еднакво близки до съвременни българи, баски и норвежци -

Кодът на Тантин смята ф3 директно от генофайловете:

Код за потвърждение: Избери целия код

f3=f3("v52.2_HO_public",p1,p2,p2)

Това е порочна практика, както много правилно отбеляза Южняка в другия форум. Причината е, че в този режим сниповете се филтрират за всяка двойка отделно, съответно съпоставянето на различните двойки не е обективно. Може да се използва, ако
имаме някакви много лоши проби, за които не може да се приложи общ филтър.

Ако се използват предварително сметнати блокове (f2_from_precomp, f2_from_geno), тогава сниповете се филтрират по всички проби. И тук вече играе maxmiss - максималният брой популации, в които се допуска липса. Естествено, при добро покритие обективната оценка е с maxmiss = 0.

[avtohton.org]

Че са близки - близки са, но не са идентични. Тези разлики трябва да се обяснят по същия начин, както и приликите.

Да, хайде да видим защо албанците и гърците не са идентични с древните македонци. Имаш ли идея как да го установим? Аз имам, ще пусна някои изчисления.

Обединих българите и гагаузите в популация "Bulgaro-Gagauz.HO" с 19 индивида. Пуснах:

Код за потвърждение: Избери целия код

modern_pops <- c('Bulgaro-Gagauz.HO', 'Albanian.HO', 'Czech.HO','Kalash.HO','Cretan.DG','Iran_Fars.HO','Iran_Zoroastrian.HO','Karachai.HO','Altaian.HO','Evenk_FarEast.HO','Icelandic.HO','English.HO','Azeri.HO','Bashkir.HO','Circassian.HO','Kabardinian.HO','Karakalpak.HO','Kazakh.HO','Mordovian.HO','Moldavian.HO','Mongol.HO','Russian.HO','Tatar_Kazan.HO','Chuvash.HO','Ukrainian.HO','Sindhi_Pakistan.HO','Kalash.HO','French.HO','Druze.HO','Sardinian.HO','Palestinian.HO','Han.HO','Italian_North.HO','Oroqen.HO','Basque.HO','Greek.HO','Hungarian.HO','Spanish.HO','Croatian.HO','Norwegian.HO','Cypriot.HO','Lebanese_Christian.HO','Assyrian.HO','Turkish.HO','Polish.DG','Romanian.HO')

pop1 = "Macedonia_IA"
target = c("Albanian.HO", "Bulgaro-Gagauz.HO", "Cretan.DG", "Cypriot.HO", "Greek.HO", "Moldavian.HO", "Romanian.HO")
pops = c(pop1, target, modern_pops)
result_f3 = f3 (f2_from_geno(genotype_data, pops=pops, maxmiss = 1, outpop="Bulgaro-Gagauz.HO"), verbose = T,
    target,
    pop1,
    modern_pops
)

# Filter rows where p < 0.05 and then order by column p
filtered_and_ordered <- result_f3[result_f3$p < 0.05, ]
filtered_and_ordered <- filtered_and_ordered[filtered_and_ordered$z < 0, ]
filtered_and_ordered <- filtered_and_ordered[order(filtered_and_ordered$p), ]
print(filtered_and_ordered, n=Inf, width=Inf)

Интересуват ме само резултати с отрицателно z, т.е. сигнал за смесване между Macedonia_IA и нещо друго, даващо в резултат съвременни балканци. Филтрирам само резултати с p<0.05.

Резултатът е:

Код за потвърждение: Избери целия код

pop1	pop2	pop3	est	se	z	p
Greek.HO	Macedonia_IA	Sindhi_Pakistan.HO	-0.00175351051213762	0.000544495761452302	-3.22043004974103	0.00127998425389852
Albanian.HO	Macedonia_IA	Evenk_FarEast.HO	-0.00413959212866357	0.00129813001377158	-3.18888869739358	0.00142820856488119
Greek.HO	Macedonia_IA	Iran_Fars.HO	-0.00135394150388356	0.000450700816430435	-3.0040804332391	0.00266384890900834
Albanian.HO	Macedonia_IA	Han.HO	-0.00389989760512151	0.00131307743275941	-2.97004388912993	0.00297757205408964
Romanian.HO	Macedonia_IA	Evenk_FarEast.HO	-0.00307369869736719	0.00109090448647178	-2.81756903146323	0.00483887115593782
Albanian.HO	Macedonia_IA	Oroqen.HO	-0.00363111672036722	0.00137167413584995	-2.64721527180886	0.00811576712017485
Greek.HO	Macedonia_IA	Han.HO	-0.00230151317068945	0.000880246468455383	-2.61462357778958	0.00893258401403604
Greek.HO	Macedonia_IA	Evenk_FarEast.HO	-0.00218164505375193	0.000909724776313433	-2.39813744833116	0.0164786804716851
Greek.HO	Macedonia_IA	Iran_Zoroastrian.HO	-0.00118385495991677	0.000499496790319323	-2.37009522956083	0.0177835041741261
Albanian.HO	Macedonia_IA	Mongol.HO	-0.00269217652766921	0.00120878733600791	-2.22717135386301	0.0259358238548977
Greek.HO	Macedonia_IA	Oroqen.HO	-0.00189555518716163	0.000922799001844078	-2.05413658161056	0.0399624743292441
Greek.HO	Macedonia_IA	Kalash.HO	-0.00128512163605563	0.000627882505280379	-2.04675496649133	0.0406821493359838
Albanian.HO	Macedonia_IA	Karakalpak.HO	-0.00206343265291439	0.00102210356707397	-2.0188097560617	0.0435069966583709
Greek.HO	Macedonia_IA	Palestinian.HO	-0.000862032040173229	0.000431826185850936	-1.996247722853	0.0459069652307658

Ако пусна българите и гагаузите отделно, се появяват сигнали, но ако са заедно - няма сигнал. Гърците са 20 на брой, така че обединявайки българите и гагаузите, са почти равнопоставени. Албанците са само 6, така че предполагам техните резултати не са съвсем правилни.

[Кухулин 2.0]

Да, хайде да видим защо албанците и гърците не са идентични с древните македонци. Имаш ли идея как да го установим? Аз имам, ще пусна някои изчисления.

Идеята е ясна - да се види в коя посока се отдалечават на плотовете. Ако е чист дрифт, няма да има ясен статистически резултат. Би било интересно да видим твоите сметки. Впрочем, би било интересно да видим също DATES върху македоснкото желязо и викингите от другата тема, стига да не те затруднява.

В Г25 има специална функция за тази цел - Д3. Обсъждали сме я подробно с Тантин - какво, как, защо. Върши някаква работа. Ето сферата, към която която се отдалечават днешните македонци от желязото:



Оградените проби са еталонни славяни.