Самоводене и други проблемни теми

[Кухулин 2.0]

Напоследък в БГ Наука се трият доста постове, затова пускам част от тях в този форум - може за някого дискусията да е интересна. Става дума за източноазиатскя компонент в средновековната проба от Самоводене:

https://www.forumnauka.bg/topic/25444-p ... amovodene/

И конкретно за позицията на аварите, които споделят една и съща хаплогрупа с българската проба:





Ето и част от изтритите постове, засягащи характера на пробата:

[avtohton.org]

Аз от самото начало, когато видях колко много се обсъжда 1 (една) проба, досега, съм смаян. Каквито и резултати да покаже една проба, те нямат значение. Човекът може да е бил пътуващ търговец от Исландия или Етиопия.

Каквито и врътки да пускаме с Admixtools, те не показват почти нищо, когато имаме една проба.

Естествено, част от вълшебството на Стамов е фактът, че ползва 1-2 проби от всичко, включително съвременни българи, така че резултатите му винаги са шокиращи, за него.

Но дискусията с теб и Тантин е на по-високо ниво. Не смятам за разумно вадене на изводи от една проба.

[Кухулин 2.0]

Дискусията около Самоводене мина през доста етапи (е минала, защото аз се включих сравнително късно). Натрупа се много материал, много познание, усвоиха се какви ли не методи за анализ. И продължават да се усвояват от всички участници. Това само по себе си и придава голям смисъл. Разбира се, ако днес се обърнем и погледнем разсъжденията отпреди шест месеца или година, можем само да се подсмихнем весело И това е хубаво, не е лошо.

А що се отнася до ролята на Самоводене за историческата наука, тя е близка до нула. Самотна проба без археологически контекст и без някакви важни генетични връзки. Просто интересен автозомен профил - някакъв авар или потомък на авари, може би омешан със средновековни българи.

Би било любопитно обаче да се види как стои Самоводене по IBD спрямо съвременните популации.

[Tantin]

Аз от самото начало, когато видях колко много се обсъжда 1 (една) проба, досега, съм смаян. Каквито и резултати да покаже една проба, те нямат значение. Човекът може да е бил пътуващ търговец от Исландия или Етиопия.

Каквито и врътки да пускаме с Admixtools, те не показват почти нищо, когато имаме една проба.

Естествено, част от вълшебството на Стамов е фактът, че ползва 1-2 проби от всичко, включително съвременни българи, така че резултатите му винаги са шокиращи, за него.

Но дискусията с теб и Тантин е на по-високо ниво. Не смятам за разумно вадене на изводи от една проба.

По принцип може да е случайна проба, но в генетиката няма нищо случайно. Ако е случаен етиопец - то той ще се проектира при африканците. Ако е източен азиатец, то данните му ще съответстват на тези от И. Азия.
Единичните проби ни дават базова оценка, стартова точка , спрямо която сравняваме следващите нови дето ще излязат.
Кога ще дойдат другите ? Ами когато дойдат. Ние имаме множество поранни и разтоянието спрямо Самоводене е значително. Исландците също можем да ги разпознаем , те са на друго място. Верно че е имало търговци, роби и всякакви. Но така или иначе Самоводене е човек от него време, от него място. Ще излязат и нови проби и ще се разбере повече. Фактът че човека от Самоводене е с хаплогрупата Q го прави достатъчно много интересен, дори и да не е същински прабългарин.

[avtohton.org]

Би било любопитно обаче да се види как стои Самоводене по IBD спрямо съвременните популации.

Преди няколко месеца конвертирах други стари проби и намерих общи сегменти между тях и съвременни популации. Вдъхнови ме тази статия. Смятало се е, че пиктите (Picts) са дошли от Скития или от някъде другаде от далече. Генетически обаче се вижда, че са си местни.

The origin myth presented in Bede's Ecclesiastical History of the English People describes the Picts as settlers from Scythia who arrived on the northern coast of Ireland by chance. Local Scoti leaders redirected them to northern Britain where they settled, taking Scoti wives.[24] The Pictish Chronicle, repeating this story, further names the mythical founding leader Cruithne (the Gaelic word for Pict), followed by his sons, whose names correspond with the seven provinces of Pictland: Circin, Fidach, Fortriu, Fotla (Atholl), Cat, Ce and Fib.[25] Bede's account has long been recognised as pseudohistorical literary invention,[26] and is thought to be of Pictish origin, composed around 700.[27] Its structure is similar to the origin myths of other peoples and its main purpose appears to have been to legitimise the annexation of Pictish territories by Fortriu and the creation of a wider Pictland.[28]

A study published in 2023 sequenced the whole genomes from eight individuals associated with the Pictish period, excavated from cemeteries at Lundin Links in Fife and Balintore, Easter Ross. The study observed "broad affinities" between the mainland Pictish genomes, Iron Age Britons and the present-day people living in western Scotland, Wales, Northern Ireland and Northumbria, but less with the rest of England, supporting the current archaeological theories of a "local origin" of the Pictish people.[29]

Специално в статията ми хареса тази графика:



Може да се сравнят стари проби със съвременни народи и да се преброят ДНК сегментите, които са еднакви. Това ни дава идея къде са си оставили гените старите проби.

Има обаче някои тънкости.

* Колкото по-стара е пробата, толкова по-малки стават общите сегменти със съвременните индивиди. Защото при всяко поколение сегментите може да се разделят и да се предаде само част на детето.

В статията за пиктите пишат:

These results need to be interpreted with caution because of existing flaws in the IBD segment detection. First, it has previously been demonstrated that the false positive rate (genomic regions falsely attributed to IBD segments) is high, especially for small IBD segments [43]. They are usually created from the concatenation of shorter IBD segments into a false longer one. The false positive rate is around 10–40% for ≤2 cM IBD segments, but decreases with the length of the segment and is close to 0% for IBD segments ≥5 cM. Several factors can influence this rate, the main ones being data quality and population history. The detection of false positives varies with the density and informativeness of genetic markers. For example, segments of the genome containing many rare alleles are easier to identify as IBD. Regions with low SNP density will be associated with a higher false positive rate. Ralph and Coop [43] also detected significant variation in the false positive rate between populations for IBD segments <2 cM, with populations from Spain, Portugal and Italy showing significantly higher false positive rates than other European populations. A likely explanation given by the authors is that IBD detection algorithms are based on haplotype frequency, so the false positive rate should increase in populations that are more differentiated from the rest of the sample; in this case, they are the populations sharing the least common genetic ancestors both within their respective populations and with other European populations.

Софтуерът, който ползвам аз, е https://github.com/apriha/lineage Авторите на статията за пиктите са ползвали https://faculty.washington.edu/browning ... d-ibd.html

Сега конвертирах и Самоводенеца. Резултати в следващия пост.

[avtohton.org]

Сравнявам:

I10385 (древен "македонец" от Охрид, желязна епоха)

I2525 (Самоводенецът, вдъхновил тонове изписани интернет постове на тема "кои са прабългарите")

I18793 (ямненец от Бояново, бронзова епоха)

с няколко съвременни популации.

Ако поставим граница от 1 центиморган, резултатите са:

Код за потвърждение: Избери целия код

Individual ID   Population ID  Average Shared Segments
0        I10385    Bulgarian.HO                20.400000
2        I10385   Lithuanian.HO                19.700000
5        I10385      Cypriot.HO                19.000000
1        I10385       Gagauz.HO                18.444444
3        I10385     Croatian.HO                18.300000
4        I10385    Sardinian.HO                17.760000
7        I10385  Tatar_Kazan.HO                16.846154
6        I10385      Turkish.HO                16.620000
  Individual ID   Population ID  Average Shared Segments
0         I2525    Bulgarian.HO                19.800000
2         I2525   Lithuanian.HO                18.800000
1         I2525       Gagauz.HO                18.111111
5         I2525      Cypriot.HO                16.250000
3         I2525     Croatian.HO                16.000000
7         I2525  Tatar_Kazan.HO                15.384615
4         I2525    Sardinian.HO                14.160000
6         I2525      Turkish.HO                13.680000
  Individual ID   Population ID  Average Shared Segments
0        I18793    Bulgarian.HO                13.800000
2        I18793   Lithuanian.HO                13.800000
1        I18793       Gagauz.HO                10.888889
7        I18793  Tatar_Kazan.HO                10.538462
4        I18793    Sardinian.HO                10.520000
3        I18793     Croatian.HO                10.200000
6        I18793      Turkish.HO                 9.300000
5        I18793      Cypriot.HO                 8.875000

Ако поставим граница от 4 центиморганa, резултатите са:

Код за потвърждение: Избери целия код

Individual ID   Population ID  Average Shared Segments
1        I10385       Gagauz.HO                 0.333333
5        I10385      Cypriot.HO                 0.250000
4        I10385    Sardinian.HO                 0.200000
0        I10385    Bulgarian.HO                 0.100000
2        I10385   Lithuanian.HO                 0.100000
3        I10385     Croatian.HO                 0.100000
6        I10385      Turkish.HO                 0.100000
7        I10385  Tatar_Kazan.HO                 0.076923
  Individual ID   Population ID  Average Shared Segments
4         I2525    Sardinian.HO                 0.240000
0         I2525    Bulgarian.HO                 0.200000
2         I2525   Lithuanian.HO                 0.200000
5         I2525      Cypriot.HO                 0.125000
1         I2525       Gagauz.HO                 0.111111
6         I2525      Turkish.HO                 0.100000
3         I2525     Croatian.HO                 0.000000
7         I2525  Tatar_Kazan.HO                 0.000000
  Individual ID   Population ID  Average Shared Segments
0        I18793    Bulgarian.HO                 1.100000
1        I18793       Gagauz.HO                 0.555556
3        I18793     Croatian.HO                 0.500000
5        I18793      Cypriot.HO                 0.500000
4        I18793    Sardinian.HO                 0.320000
7        I18793  Tatar_Kazan.HO                 0.307692
2        I18793   Lithuanian.HO                 0.300000
6        I18793      Turkish.HO                 0.280000

Ако поставим граница от 5 центиморганa, резултатите са:

Код за потвърждение: Избери целия код

Individual ID   Population ID  Average Shared Segments
1        I10385       Gagauz.HO                 0.222222
5        I10385      Cypriot.HO                 0.125000
4        I10385    Sardinian.HO                 0.120000
7        I10385  Tatar_Kazan.HO                 0.076923
6        I10385      Turkish.HO                 0.040000
0        I10385    Bulgarian.HO                 0.000000
2        I10385   Lithuanian.HO                 0.000000
3        I10385     Croatian.HO                 0.000000
  Individual ID   Population ID  Average Shared Segments
2         I2525   Lithuanian.HO                 0.200000
4         I2525    Sardinian.HO                 0.120000
1         I2525       Gagauz.HO                 0.111111
0         I2525    Bulgarian.HO                 0.100000
6         I2525      Turkish.HO                 0.060000
3         I2525     Croatian.HO                 0.000000
5         I2525      Cypriot.HO                 0.000000
7         I2525  Tatar_Kazan.HO                 0.000000
  Individual ID   Population ID  Average Shared Segments
0        I18793    Bulgarian.HO                 0.600000
1        I18793       Gagauz.HO                 0.222222
2        I18793   Lithuanian.HO                 0.200000
5        I18793      Cypriot.HO                 0.125000
4        I18793    Sardinian.HO                 0.120000
3        I18793     Croatian.HO                 0.100000
6        I18793      Turkish.HO                 0.080000
7        I18793  Tatar_Kazan.HO                 0.076923

Average Shared Segments означава, че ако ако популация Bulgarian.HO включва 10 индивида, а общо Самоводенецът има 1 общ сегмент над 5 центиморгана с тях, резултатът е 0.1.

[avtohton.org]

Някакъв свой IBD алгоритъм ползват и mytrueancestry.com за намиране на общи сегменти със стари проби. Там може да цъкнеш "Create Ancient Kit", избираш "Medieval Bulgaria Veliko Tarnovo Samovodene (I2525)" и после виждаш с кои стари проби има общи сегменти (ако си с платена версия).

Принтирах резултатите му за общи сегменти на пдф и го качих тук - https://www.hipdf.com/preview?share_id= ... UU8AMO1JLg

Изобразени на карта изглеждат така:

[Кухулин 2.0]

Благодаря ти, ще помисля върху тези данни. Изглеждат доста интересни.

[Кухулин 2.0]

Принтирах резултатите му за общи сегменти на пдф и го качих тук - https://www.hipdf.com/preview?share_id= ... UU8AMO1JLg

Тц-тц, ти да видиш...



I18174
550-650 CE
Hungary_Tiszaregion_EAvar

[Tantin]

Напоследък . . се трият доста постове .....

То си има граници на търпението, поносимост, толерантност, добро възпитание.. Обаче...
Всякакви граници май вече бяха минати.. Добре все пак че има ентусиазъм.
Триещият е добре дошъл да участва на равни начала, дори и да знае и да може повечко.. Но тия привилегии да трие другите хич не му прилягат. Особено ако някой малко за нещо го противопостави.. Което показва лошо възпитание, лош контрол на емоции и подобно.
Ние колкото повече гледаме да не му се захващаме за кусурите, толкова повече се насъсква и .. трие.. И по мой адрес имаше изписани разни подобни опити за психоанализа от триещия, пробва се да ме моделира по разни негови схеми.. и доникъде. После вече спрях да съм му интересен и спря да се заяжда с мен . И сега си съжителстваме съвсем мирно и кротко. Участваме в разни чуждоземни форуми. Знаем се и всеки си знае мястото. То дори няма за какво да си противоречим. В повечето случаи сме на едно мнение. Но заяждането не е хубаво нещо. А пък триенето ( няма какво да коментираме).

[Tantin]

Тези дни приключвам едни проверки по моя предпочитан метод с пса-анализите. Сравнявах едни скриптове(алтернативни), за да видя кой дава по-добри резултати. И най-вече заради това не съм имал време да тествам по други методи. Иначе ги имам Ф3/Ф4. Дори и разните DAtes, и няколко подобни бях подкарал преди време. Добре че автонон вече също се е впуснал по тях и изкарва данни. Значи по мои наблюдения от пса данните може да се намират всякакви близки групи, клъстъри . И после може с другите методи да се правят допълнителни проверки. И това се прави. Така правят повечето изследователи. Това не е нищо ново. Аз обаче имам допълнителни трикове по филтриране на данните от ПСА и това ми дава допълнителна точност при проверките. Да речем че първите принципни компоненти са универсални, отнасят се за света глобално. А от там нататъка почват да се появяват пс (принципни компоненти) специфични за по-големи и за по-малки групи.. И това също не е ново. На базата на надеждно вкарани такива пс може да се гледат многo интересни развития във времето. ( което пък до голяма степен корелира с ползването на други методи като DAtes от P. Мoorjani ).

[Кухулин 2.0]

Напоследък . . се трият доста постове .....

То си има граници на търпението, поносимост, толерантност, добро възпитание.. Обаче...
Всякакви граници май вече бяха минати.. Добре все пак че има ентусиазъм.
Триещият е добре дошъл да участва на равни начала, дори и да знае и да може повечко.. Но тия привилегии да трие другите хич не му прилягат. Особено ако някой малко за нещо го противопостави.. Което показва лошо възпитание, лош контрол на емоции и подобно.
Ние колкото повече гледаме да не му се захващаме за кусурите, толкова повече се насъсква и .. трие.. И по мой адрес имаше изписани разни подобни опити за психоанализа от триещия, пробва се да ме моделира по разни негови схеми.. и доникъде. После вече спрях да съм му интересен и спря да се заяжда с мен . И сега си съжителстваме съвсем мирно и кротко. Участваме в разни чуждоземни форуми. Знаем се и всеки си знае мястото. То дори няма за какво да си противоречим. В повечето случаи сме на едно мнение. Но заяждането не е хубаво нещо. А пък триенето ( няма какво да коментираме).

Прав си, но тук има още един фактор - за нас генетиката е хоби, а Южняк от нея си вади хляба. Редно е да сме толерантни към психоизблиците при някои по-твърди критики.

[Tantin]

Напоследък . . се трият доста постове .....

То си има граници на търпението, поносимост, толерантност, добро възпитание.. Обаче...
Всякакви граници май вече бяха минати.. Добре все пак че има ентусиазъм.
Триещият е добре дошъл да участва на равни начала, дори и да знае и да може повечко.. Но тия привилегии да трие другите хич не му прилягат. Особено ако някой малко за нещо го противопостави.. Което показва лошо възпитание, лош контрол на емоции и подобно.
Ние колкото повече гледаме да не му се захващаме за кусурите, толкова повече се насъсква и .. трие.. И по мой адрес имаше изписани разни подобни опити за психоанализа от триещия, пробва се да ме моделира по разни негови схеми.. и доникъде. После вече спрях да съм му интересен и спря да се заяжда с мен . И сега си съжителстваме съвсем мирно и кротко. Участваме в разни чуждоземни форуми. Знаем се и всеки си знае мястото. То дори няма за какво да си противоречим. В повечето случаи сме на едно мнение. Но заяждането не е хубаво нещо. А пък триенето ( няма какво да коментираме).

Прав си, но тук има още един фактор - за нас генетиката е хоби, а Южняк от нея си вади хляба. Редно е да сме толерантни към психоизблиците при някои по-твърди критики.

Не знам, не съм на 100% сигурен че това му е хляба. Може и на него да му е хоби.. Ти досега в колко официални публикации си го срещнал? ТВ интервютата и другаде нито са публикации, нито са научни. Нито пък за това публиката си плаща. Виж за опит и за умения - ние сме новаци. Но пък всеки си има свои силни страни. Толерантността при нас си е ОК, а на едно друго място я няма. Здраве да е.

[Кухулин 2.0]

Ти досега в колко официални публикации си го срещнал?

https://www.papersofbas.eu/listing/todo ... tamov.html

Допускам, че днешната нервна атмосфера е свързана именно с това - хипотезата на Южняка за огромния кавказки компонент в прабългарите е на път да се провали много мощно, а е широко разпиарена. Съответно д-р Чобанов върти-суче и се чуди как да ограничи щетите.

За съжаление очаквам и втора серия от това ТВ шоу. Най-вероятно хипотезата за липсващия тракийски компонент в българите също ще се провали. И там ще трябва да се ограничават щети, и там има да гледаме акробатики.

[Tantin]

Някакъв свой IBD алгоритъм ползват и mytrueancestry.com за намиране на общи сегменти със стари проби. Там може да цъкнеш "Create Ancient Kit", избираш "Medieval Bulgaria Veliko Tarnovo Samovodene (I2525)" и после виждаш с кои стари проби има общи сегменти (ако си с платена версия).

Принтирах резултатите му за общи сегменти на пдф и го качих тук - https://www.hipdf.com/preview?share_id= ... UU8AMO1JLg

Изобразени на карта изглеждат така:

Пробвах го и аз този сайт. Сложих данните на мой родственик. Най-много общи снипове с някакви проби до Велико Търново, но не се дават иментата на пробите. (безплатната версия)
323 общи снипа с пробата от 949 АД.
И това са най-многото общи съвпадения. Или е от Самоводене или е то Ряховец. Но тая от Ряховец мисля че е неолитна.
Има една от 1125 АД, там са малко над 190 общи снипа.

[Tantin]

Ето че ги изхващах кои са най-близките до нас:

Виждате звездата в средата, това е нашия човек.
Дадени са и имената или поне частично на другите проби.
949 АД си е точно Самоводене..
Представяте ли си, моят близък родственик си има цели 323 споделени снипа със Самоводене !!!!
И това ако не е изненада.. А това значи че и аз съм далечен роднина на тоя от Самоводене.

[Tantin]

Добавих още детайли от това дето може да се види на my_ancestry.

В червено съм сложил броя на общите снипове.

Появи се отнякъде една проба рекордьор.
Слагам я и нея , въпреки че не е сложена към ПСА данните.


Представяте ли си ? Тоя от Унгария от 700-та година бие всичките рекорди по брой общи снипове. Цели 815. Двойно и дори повече спрямо Самоводене. Което идва да покаже славянската следа откъм Унгарската равнина.

[Tantin]

Този, дето е маркиран като ранен Ямненец от 2669 BC е всъщност показан на картата в България, ще да е от Бояновските проби. Не знам що са го маркирали за оригинален ямненец от Украйна, а са го показали на картата в БГ- Бояново. С него споделяме 149 снипа.

[Tantin]

Софтуерът, който ползвам аз, е https://github.com/apriha/lineage Авторите на статията за пиктите са ползвали https://faculty.washington.edu/browning ... d-ibd.html

Сега конвертирах и Самоводенеца. Резултати в следващия пост.

Автохоне, заинтригуваха ме тия резултати с IBD. Пробвах се да подкарам lineage софтуера, и почти тръгна, но даде едни грешки при свалянето на пробите. (нещо SSL сертификата ) Другия софтуер с Джавата ми тръгна по-лесно, но и там трябва да се конвертират данните, а при по-голям брой индивиди може да си отнеме и цял ден само да се конвертират данни. При теб как сработи lineage ?
На python хич ме няма и там само пробвам - или тръгва или не. И като не тръгне директно го отписвам.
С джавата още отпреди бях подкарал една част. С малко търпение и може да се ползва.

ПП. тия продукти ползват данни във формат vcf, съответно трябва да се прави конвертиране за да се подадат данните.

[Tantin]

► Виж съдържание

Оня пак го подхвана шизофренията. Ужас ! Тоя човек го гони някаква параноя.

Проба