Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

[Tantin]

Дори има един много прост начин да го потвърдиш, смяташ:
F4( a,d, b,d)
Това е равно на F3(a,b,d)

[Кухулин 2.0]

Провери го това още един път.
Аз съм почти убеден, щото доста съм ги въртял.
F3(a,b,c)
F3=<(c-a)(c-b)>

https://gaworkshop.readthedocs.io/en/la ... f3/f3.html

Specifically we define

F4(A,B;C,D)=⟨(a−b)(c−d)⟩.
При ф4 се взимат едно след друго. Това е разликата.

https://compvar-workshop.readthedocs.io ... stats.html

Ще проверя, но ми се струва, че в твоя линк смятат обратно параметрите - F3(A, B; C). В адмикса е F3(A; B, C):



Можеш да погледнеш оригиналната публикация на Патерсън от 2012-та. Там има сметнати едни ф-тройки за уйгурите и ако искаш, пробвай да възпроизведеш резултатите. Така ще разбереш къде в твоята функция трябва да стои уйгурът и къде - останалите мушмули.

https://academic.oup.com/genetics/artic ... 65/5935193
https://academic.oup.com/view-large/397583893

[Tantin]

Ще проверя, но ми се струва, че в твоя линк смятат обратно параметрите - F3(A, B; C). В адмикса е F3(A; B, C):

Можеш да погледнеш оригиналната публикация на Патерсън от 2012-та. Там има сметнати едни ф-тройки за уйгурите и ако искаш, пробвай да възпроизведеш резултатите. Така ще разбереш къде в твоята функция трябва да стои уйгурът и къде - останалите мушмули.

Аз обикновенно си ги смятам през F4, щото ми са по-разбираеми. Нищо чудно Admixtools2 който ние ползваме да е точно както ти казваш, а именно: F4(a; b,c) = (a-b)(a-c)


qp3pop {admixtools} R Documentation
Estimate f3 statistics
Description
Computes f3 statistics of the form f3(A; B, C). When using the same SNPs for all populations, this is equivalent to (f2(A, B) + f2(A, C) - f2(B, C)) / 2 and to f4(A, B; A, C)

Излиза че тестовата популация е pop1 .. Интересно !! Сега да видим какви за последиците от това наблюдение при твоите резултати...

[Tantin]

Няколко месеца по-късно мога да се включа по този въпрос. Fst не е много надеждна, затова долните сметки са с outgroup f3. Популациите са групирани в съответствие с Южната дъга (файл science.abm4247_data_s4.xlsx от суплемента). https://www.science.org/doi/10.1126/science.abm4247

Код за потвърждение: Избери целия код

        pop1         pop2                   pop3       est          se         z p      n
 1: Mbuti.DG Bulgarian.HO     BGR_Samovodene_Mdv 0.2662834 0.002351692 113.23053 0 461825
 2: Mbuti.DG Bulgarian.HO     BGR_Tell_Ezero_EBA 0.2711282 0.002387292 113.57146 0 255963
 3: Mbuti.DG Bulgarian.HO BGR_Veliko_Tarnovo_Mdv 0.2712790 0.002359272 114.98418 0 409604
 4: Mbuti.DG Bulgarian.HO     BGR_Dzhulyunitsa_N 0.2727625 0.002145638 127.12420 0 544611
 5: Mbuti.DG Bulgarian.HO BGR_KapitanAndreevo_IA 0.2732850 0.002105296 129.80830 0 567001
 6: Mbuti.DG Bulgarian.HO       BGR_TellKran_EBA 0.2733187 0.002255880 121.15836 0 382230
 7: Mbuti.DG Bulgarian.HO                BGR_ChL 0.2733954 0.002114910 129.27045 0 555852
 8: Mbuti.DG Bulgarian.HO             BGR_RomByz 0.2734331 0.003372481  81.07774 0  72877
 9: Mbuti.DG Bulgarian.HO                BGR_Anc 0.2736780 0.002574819 106.29016 0 221466
10: Mbuti.DG Bulgarian.HO    BGR_Dzhulyunitsa_IA 0.2752931 0.002459514 111.92985 0 385997
11: Mbuti.DG Bulgarian.HO      BGR_Ryahovets_Mdv 0.2755243 0.002423111 113.70681 0 437598

Код за потвърждение: Избери целия код

     pop1         pop2                   pop3       est          se         z p      n
 1: Yoruba.DG Bulgarian.HO     BGR_Samovodene_Mdv 0.1651407 0.001547578 106.70912 0 461827
 2: Yoruba.DG Bulgarian.HO     BGR_Tell_Ezero_EBA 0.1680112 0.001506095 111.55419 0 255963
 3: Yoruba.DG Bulgarian.HO BGR_Veliko_Tarnovo_Mdv 0.1681249 0.001578449 106.51271 0 409604
 4: Yoruba.DG Bulgarian.HO                BGR_Anc 0.1693964 0.001678928 100.89556 0 221466
 5: Yoruba.DG Bulgarian.HO     BGR_Dzhulyunitsa_N 0.1697574 0.001296138 130.97175 0 544612
 6: Yoruba.DG Bulgarian.HO       BGR_TellKran_EBA 0.1698623 0.001401074 121.23727 0 382231
 7: Yoruba.DG Bulgarian.HO                BGR_ChL 0.1700096 0.001266623 134.22277 0 555853
 8: Yoruba.DG Bulgarian.HO BGR_KapitanAndreevo_IA 0.1701166 0.001248219 136.28741 0 567002
 9: Yoruba.DG Bulgarian.HO    BGR_Dzhulyunitsa_IA 0.1714285 0.001664765 102.97458 0 385999
10: Yoruba.DG Bulgarian.HO      BGR_Ryahovets_Mdv 0.1714959 0.001569991 109.23371 0 437600
11: Yoruba.DG Bulgarian.HO             BGR_RomByz 0.1752449 0.002312391  75.78514 0  72877

Тук по-високите стойности на "est" означават по-близки популации. Мбути и Йоруба имат някои специфики, затова поствам и двете.

Като цяло се вижда, че от баш-траките най-близо до нас е Джулюница, веднага след Ряховец. Всъщност групирането е много плътно - с точност до третия и четвъртия знак съответно. Капитан Андреево бяга назад.

Пробата BGR_RomByz (300-500 CE, близо до Елхово) е отделен и доста интересен въпрос, но за съжаление не е с превъзходно качество.

Ти пробвал ли си да моделираш съвременните българи в qpAdm?

Преглеждам наново таблицата с резултатите: Това вече си идва на мястото !!
Yoruba - не е тестова популация а е единия дълъг вектор, огромен.. Съответно Yoruba.DG - Bulgarian.HO го сравняваме, с тестовата популация в Yoruba-ПОП3.. Втория вектор е също огромен.. И колкото по-близко е теста ни към българите, толкоз по-голяма е естимацията за Ф3..
Един вид изчисляваме си абсолютната дължина на вектора, ако теста се съвпадне с българите би трябвало да получим модула на разтоянието на квадрат.. Yoruba ни се явява като outgroup, външната отдалечена популация.. Ясно ! Мерси, направихме си пак малко гимнастика .

[Кухулин 2.0]

Моля. Гимнастиката винаги е добре дошла, даже в два без двайсет нощеска

Един от стабилните модели на съвременните българи, с малката база на HO:



HUN_Avar - това са две славянки от един аварски некропол. Другите са горе-долу ясни, освен византиеца...

Пълният код на модела:

Код за потвърждение: Избери целия код

> result_RomByz = qpadm ("C:/AdmixTools/Dataset/v54.1.p1_HO_public", verbose = T,  
+              left = c ("HUN_Avar",
+                        "MNG_XiongNu_WE",
+                        "RUS_Sarmatian",
+                        "BGR_RomByz"), 
+             right = c ("Mbuti.DG",
+                        "CHG",
+                        "EHG",
+                        "Levant_PPN",
+                        "SRB_Iron_Gates_HG",
+                        "TUR_Marmara_Barcin_N",
+                        "IRN_Ganj_Dareh_N", 
+                        "ISR_Natufian_EpiP", 
+                        "MAR_Taforalt_EpiP", 
+                        "RUS_AfontovaGora3", 
+                        "Mesopotamia",
+                        "RUS_MA1_HG", 
+                        "TUR_C_Boncuklu_PPN", 
+                        "TUR_Pinarbasi_EpiP",
+                        "RUS_DevilsCave_N", 
+                        "WHG"), 
+               target = "Bulgarian.HO", 
+              allsnps = T)
ℹ Reading metadata...
ℹ Computing block lengths for 593124 SNPs...
ℹ Computing 60 f4-statistics for block 711 out of 711...
ℹ "allsnps = TRUE" uses different SNPs for each f4-statistic
  Number of SNPs used for each f4-statistic:
           pop1           pop2     pop3                 pop4      n
1  Bulgarian.HO     BGR_RomByz Mbuti.DG                  CHG  72812
2  Bulgarian.HO     BGR_RomByz Mbuti.DG                  EHG  71301
3  Bulgarian.HO     BGR_RomByz Mbuti.DG     IRN_Ganj_Dareh_N  72527
4  Bulgarian.HO     BGR_RomByz Mbuti.DG    ISR_Natufian_EpiP  15392
5  Bulgarian.HO     BGR_RomByz Mbuti.DG           Levant_PPN  65763
6  Bulgarian.HO     BGR_RomByz Mbuti.DG    MAR_Taforalt_EpiP  72480
7  Bulgarian.HO     BGR_RomByz Mbuti.DG          Mesopotamia  64666
8  Bulgarian.HO     BGR_RomByz Mbuti.DG    RUS_AfontovaGora3  26673
9  Bulgarian.HO     BGR_RomByz Mbuti.DG     RUS_DevilsCave_N  72816
10 Bulgarian.HO     BGR_RomByz Mbuti.DG           RUS_MA1_HG  53864
11 Bulgarian.HO     BGR_RomByz Mbuti.DG    SRB_Iron_Gates_HG  72872
12 Bulgarian.HO     BGR_RomByz Mbuti.DG   TUR_C_Boncuklu_PPN  71508
13 Bulgarian.HO     BGR_RomByz Mbuti.DG TUR_Marmara_Barcin_N  72877
14 Bulgarian.HO     BGR_RomByz Mbuti.DG   TUR_Pinarbasi_EpiP  62667
15 Bulgarian.HO     BGR_RomByz Mbuti.DG                  WHG  72876
16 Bulgarian.HO       HUN_Avar Mbuti.DG                  CHG 443932
17 Bulgarian.HO       HUN_Avar Mbuti.DG                  EHG 432352
18 Bulgarian.HO       HUN_Avar Mbuti.DG     IRN_Ganj_Dareh_N 437049
19 Bulgarian.HO       HUN_Avar Mbuti.DG    ISR_Natufian_EpiP  77966
20 Bulgarian.HO       HUN_Avar Mbuti.DG           Levant_PPN 369932
21 Bulgarian.HO       HUN_Avar Mbuti.DG    MAR_Taforalt_EpiP 440307
22 Bulgarian.HO       HUN_Avar Mbuti.DG          Mesopotamia 372400
23 Bulgarian.HO       HUN_Avar Mbuti.DG    RUS_AfontovaGora3 143051
24 Bulgarian.HO       HUN_Avar Mbuti.DG     RUS_DevilsCave_N 443935
25 Bulgarian.HO       HUN_Avar Mbuti.DG           RUS_MA1_HG 323482
26 Bulgarian.HO       HUN_Avar Mbuti.DG    SRB_Iron_Gates_HG 444181
27 Bulgarian.HO       HUN_Avar Mbuti.DG   TUR_C_Boncuklu_PPN 432240
28 Bulgarian.HO       HUN_Avar Mbuti.DG TUR_Marmara_Barcin_N 444244
29 Bulgarian.HO       HUN_Avar Mbuti.DG   TUR_Pinarbasi_EpiP 365781
30 Bulgarian.HO       HUN_Avar Mbuti.DG                  WHG 444313
31 Bulgarian.HO MNG_XiongNu_WE Mbuti.DG                  CHG 546755
32 Bulgarian.HO MNG_XiongNu_WE Mbuti.DG                  EHG 518920
33 Bulgarian.HO MNG_XiongNu_WE Mbuti.DG     IRN_Ganj_Dareh_N 519046
34 Bulgarian.HO MNG_XiongNu_WE Mbuti.DG    ISR_Natufian_EpiP  82799
35 Bulgarian.HO MNG_XiongNu_WE Mbuti.DG           Levant_PPN 410312
36 Bulgarian.HO MNG_XiongNu_WE Mbuti.DG    MAR_Taforalt_EpiP 531847
37 Bulgarian.HO MNG_XiongNu_WE Mbuti.DG          Mesopotamia 425094
38 Bulgarian.HO MNG_XiongNu_WE Mbuti.DG    RUS_AfontovaGora3 151076
39 Bulgarian.HO MNG_XiongNu_WE Mbuti.DG     RUS_DevilsCave_N 546828
40 Bulgarian.HO MNG_XiongNu_WE Mbuti.DG           RUS_MA1_HG 393561
41 Bulgarian.HO MNG_XiongNu_WE Mbuti.DG    SRB_Iron_Gates_HG 545726
42 Bulgarian.HO MNG_XiongNu_WE Mbuti.DG   TUR_C_Boncuklu_PPN 519754
43 Bulgarian.HO MNG_XiongNu_WE Mbuti.DG TUR_Marmara_Barcin_N 546618
44 Bulgarian.HO MNG_XiongNu_WE Mbuti.DG   TUR_Pinarbasi_EpiP 420765
45 Bulgarian.HO MNG_XiongNu_WE Mbuti.DG                  WHG 547258
46 Bulgarian.HO  RUS_Sarmatian Mbuti.DG                  CHG 587745
47 Bulgarian.HO  RUS_Sarmatian Mbuti.DG                  EHG 557955
48 Bulgarian.HO  RUS_Sarmatian Mbuti.DG     IRN_Ganj_Dareh_N 558087
49 Bulgarian.HO  RUS_Sarmatian Mbuti.DG    ISR_Natufian_EpiP  88935
50 Bulgarian.HO  RUS_Sarmatian Mbuti.DG           Levant_PPN 441470
51 Bulgarian.HO  RUS_Sarmatian Mbuti.DG    MAR_Taforalt_EpiP 571749
52 Bulgarian.HO  RUS_Sarmatian Mbuti.DG          Mesopotamia 456814
53 Bulgarian.HO  RUS_Sarmatian Mbuti.DG    RUS_AfontovaGora3 162344
54 Bulgarian.HO  RUS_Sarmatian Mbuti.DG     RUS_DevilsCave_N 587807
55 Bulgarian.HO  RUS_Sarmatian Mbuti.DG           RUS_MA1_HG 422780
56 Bulgarian.HO  RUS_Sarmatian Mbuti.DG    SRB_Iron_Gates_HG 586700
57 Bulgarian.HO  RUS_Sarmatian Mbuti.DG   TUR_C_Boncuklu_PPN 558706
58 Bulgarian.HO  RUS_Sarmatian Mbuti.DG TUR_Marmara_Barcin_N 587669
59 Bulgarian.HO  RUS_Sarmatian Mbuti.DG   TUR_Pinarbasi_EpiP 452334
60 Bulgarian.HO  RUS_Sarmatian Mbuti.DG                  WHG 588364
ℹ Computing admixture weights...
ℹ Computing standard errors...
ℹ Computing number of admixture waves...

warning: solve(): system is singular (rcond: 2.70176e-17); attempting approx solution

warning: solve(): system is singular (rcond: 2.04998e-19); attempting approx solution
> result_RomByz$weights
# A tibble: 4 × 5
  target       left           weight     se     z
  <chr>        <chr>           <dbl>  <dbl> <dbl>
1 Bulgarian.HO HUN_Avar       0.419  0.101  4.16 
2 Bulgarian.HO MNG_XiongNu_WE 0.0297 0.0488 0.608
3 Bulgarian.HO RUS_Sarmatian  0.121  0.120  1.01 
4 Bulgarian.HO BGR_RomByz     0.431  0.0446 9.66 
> result_RomByz$popdrop[1,]
# A tibble: 1 × 15
  pat      wt   dof chisq     p f4rank HUN_Avar MNG_XiongNu_WE RUS_Sarmatian BGR_RomByz feasible best  dofdiff chisqdiff p_nested
  <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>  <dbl>    <dbl>          <dbl>         <dbl>      <dbl> <lgl>    <lgl>   <dbl>     <dbl>    <dbl>
1 0000      0    12  16.1 0.185      3    0.419         0.0297         0.121      0.431 TRUE     NA         NA        NA       NA
> 

[Южняк]

Кухулин, кои индивиди са в популациите? Имам предвид както левите, така и десните популации.

[Кухулин 2.0]

Кухулин, кои индивиди са в популациите? Имам предвид както левите, така и десните популации.

Привет. Това са оригиналните популации от Южната дъга. Има ги в четвъртия екселски файл от суплемента - science.abm4247_data_s4.xlsx (https://www.science.org/doi/10.1126/science.abm4247). Там в колонка D са популациите от ляво, а в колонка P са групирани за дясната страна. По принцип синхронизирането на този файл с базата на Райх не е много проста работа, затова тук прилагам целия файл v54.1.p1_HO_public.ind в готов вид. Имайте предвид, че преводът е "машинен", та може нещо да не е както трябва. Правил съм го за мене си и не съм изпипвал нещата на много високо ниво. Проверявайте популациите, като пускате модела.

ПП Форумът нещо ме псува, че файлът бил много голям (577 КБ). Сега нямам време да го мисля, довечера ще го кача.

[Кухулин 2.0]

Dataset.zip

(180.86 KiB) Свалено 53 пъти

Вижте, пробвайте и кажете, ако нещо не е наред.

[Кухулин 2.0]

Ако се върнем на автохтонните спорове, ето един формално издържан модел с доста нисък тракийски компонент (най-ниския, който съм получил засега):

Код за потвърждение: Избери целия код

> result_qpadm = qpadm ("C:/AdmixTools/Dataset/v54.1.p1_1240K_public", verbose = T,  
+             left = c ("HRV_Trogir_Byz_outlier",
+                       "RUS_SaltovoMayaki",
+                       "BGR_KapitanAndreevo_IA"), 
+            right = c ("Mbuti.DG",
+                       "CHG",
+                       "EHG", 
+                       "IRN_Ganj_Dareh_N", 
+                       "ISR_Natufian_EpiP", 
+                       "Levant_PPN",
+                       "MAR_Taforalt_EpiP", 
+                       "RUS_AfontovaGora3", 
+                       "Mesopotamia",
+                       "RUS_MA1_HG", 
+                       "SRB_Iron_Gates_HG",
+                       "TUR_C_Boncuklu_PPN", 
+                       "TUR_Marmara_Barcin_N",
+                       "TUR_Pinarbasi_EpiP",
+                       "RUS_DevilsCave_N", 
+                       "CHN_Tianyuan",
+                       "WHG"), 
+              target = "Bulgarian.DG",
+             allsnps = T)
ℹ Reading metadata...
ℹ Computing block lengths for 1150639 SNPs...
ℹ Computing 48 f4-statistics for block 713 out of 713...
ℹ "allsnps = TRUE" uses different SNPs for each f4-statistic
  Number of SNPs used for each f4-statistic:
           pop1                   pop2     pop3                 pop4       n
1  Bulgarian.DG BGR_KapitanAndreevo_IA Mbuti.DG                  CHG 1047826
2  Bulgarian.DG BGR_KapitanAndreevo_IA Mbuti.DG         CHN_Tianyuan  852726
3  Bulgarian.DG BGR_KapitanAndreevo_IA Mbuti.DG                  EHG  966737
4  Bulgarian.DG BGR_KapitanAndreevo_IA Mbuti.DG     IRN_Ganj_Dareh_N  998941
5  Bulgarian.DG BGR_KapitanAndreevo_IA Mbuti.DG    ISR_Natufian_EpiP  160913
6  Bulgarian.DG BGR_KapitanAndreevo_IA Mbuti.DG           Levant_PPN  796219
7  Bulgarian.DG BGR_KapitanAndreevo_IA Mbuti.DG    MAR_Taforalt_EpiP 1008578
8  Bulgarian.DG BGR_KapitanAndreevo_IA Mbuti.DG          Mesopotamia  824916
9  Bulgarian.DG BGR_KapitanAndreevo_IA Mbuti.DG    RUS_AfontovaGora3  258523
10 Bulgarian.DG BGR_KapitanAndreevo_IA Mbuti.DG     RUS_DevilsCave_N 1048754
11 Bulgarian.DG BGR_KapitanAndreevo_IA Mbuti.DG           RUS_MA1_HG  744761
12 Bulgarian.DG BGR_KapitanAndreevo_IA Mbuti.DG    SRB_Iron_Gates_HG 1046623
13 Bulgarian.DG BGR_KapitanAndreevo_IA Mbuti.DG   TUR_C_Boncuklu_PPN  997858
14 Bulgarian.DG BGR_KapitanAndreevo_IA Mbuti.DG TUR_Marmara_Barcin_N 1045322
15 Bulgarian.DG BGR_KapitanAndreevo_IA Mbuti.DG   TUR_Pinarbasi_EpiP  807623
16 Bulgarian.DG BGR_KapitanAndreevo_IA Mbuti.DG                  WHG 1049398
17 Bulgarian.DG HRV_Trogir_Byz_outlier Mbuti.DG                  CHG  776718
18 Bulgarian.DG HRV_Trogir_Byz_outlier Mbuti.DG         CHN_Tianyuan  695650
19 Bulgarian.DG HRV_Trogir_Byz_outlier Mbuti.DG                  EHG  745441
20 Bulgarian.DG HRV_Trogir_Byz_outlier Mbuti.DG     IRN_Ganj_Dareh_N  766879
21 Bulgarian.DG HRV_Trogir_Byz_outlier Mbuti.DG    ISR_Natufian_EpiP  140493
22 Bulgarian.DG HRV_Trogir_Byz_outlier Mbuti.DG           Levant_PPN  658173
23 Bulgarian.DG HRV_Trogir_Byz_outlier Mbuti.DG    MAR_Taforalt_EpiP  767752
24 Bulgarian.DG HRV_Trogir_Byz_outlier Mbuti.DG          Mesopotamia  660407
25 Bulgarian.DG HRV_Trogir_Byz_outlier Mbuti.DG    RUS_AfontovaGora3  227719
26 Bulgarian.DG HRV_Trogir_Byz_outlier Mbuti.DG     RUS_DevilsCave_N  777301
27 Bulgarian.DG HRV_Trogir_Byz_outlier Mbuti.DG           RUS_MA1_HG  563230
28 Bulgarian.DG HRV_Trogir_Byz_outlier Mbuti.DG    SRB_Iron_Gates_HG  777598
29 Bulgarian.DG HRV_Trogir_Byz_outlier Mbuti.DG   TUR_C_Boncuklu_PPN  756945
30 Bulgarian.DG HRV_Trogir_Byz_outlier Mbuti.DG TUR_Marmara_Barcin_N  777454
31 Bulgarian.DG HRV_Trogir_Byz_outlier Mbuti.DG   TUR_Pinarbasi_EpiP  642135
32 Bulgarian.DG HRV_Trogir_Byz_outlier Mbuti.DG                  WHG  777760
33 Bulgarian.DG      RUS_SaltovoMayaki Mbuti.DG                  CHG  100827
34 Bulgarian.DG      RUS_SaltovoMayaki Mbuti.DG         CHN_Tianyuan   86494
35 Bulgarian.DG      RUS_SaltovoMayaki Mbuti.DG                  EHG   94490
36 Bulgarian.DG      RUS_SaltovoMayaki Mbuti.DG     IRN_Ganj_Dareh_N   97235
37 Bulgarian.DG      RUS_SaltovoMayaki Mbuti.DG    ISR_Natufian_EpiP   17456
38 Bulgarian.DG      RUS_SaltovoMayaki Mbuti.DG           Levant_PPN   80990
39 Bulgarian.DG      RUS_SaltovoMayaki Mbuti.DG    MAR_Taforalt_EpiP   97971
40 Bulgarian.DG      RUS_SaltovoMayaki Mbuti.DG          Mesopotamia   82377
41 Bulgarian.DG      RUS_SaltovoMayaki Mbuti.DG    RUS_AfontovaGora3   28039
42 Bulgarian.DG      RUS_SaltovoMayaki Mbuti.DG     RUS_DevilsCave_N  100892
43 Bulgarian.DG      RUS_SaltovoMayaki Mbuti.DG           RUS_MA1_HG   72406
44 Bulgarian.DG      RUS_SaltovoMayaki Mbuti.DG    SRB_Iron_Gates_HG  100690
45 Bulgarian.DG      RUS_SaltovoMayaki Mbuti.DG   TUR_C_Boncuklu_PPN   96662
46 Bulgarian.DG      RUS_SaltovoMayaki Mbuti.DG TUR_Marmara_Barcin_N  100607
47 Bulgarian.DG      RUS_SaltovoMayaki Mbuti.DG   TUR_Pinarbasi_EpiP   80410
48 Bulgarian.DG      RUS_SaltovoMayaki Mbuti.DG                  WHG  100934
ℹ Computing admixture weights...
ℹ Computing standard errors...
ℹ Computing number of admixture waves...

warning: solve(): system is singular (rcond: 1.74475e-18); attempting approx solution
> result_qpadm$weights
# A tibble: 3 × 5
  target       left                   weight     se     z
  <chr>        <chr>                   <dbl>  <dbl> <dbl>
1 Bulgarian.DG HRV_Trogir_Byz_outlier  0.554 0.0700  7.92
2 Bulgarian.DG RUS_SaltovoMayaki       0.258 0.0480  5.39
3 Bulgarian.DG BGR_KapitanAndreevo_IA  0.187 0.0549  3.42
> result_qpadm$popdrop[1,]
# A tibble: 1 × 14
  pat      wt   dof chisq     p f4rank HRV_Trogir_Byz_outlier RUS_SaltovoMayaki BGR_KapitanAndreevo_IA feasible best  dofdiff chisqdiff p_nested
  <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>  <dbl>                  <dbl>             <dbl>                  <dbl> <lgl>    <lgl>   <dbl>     <dbl>    <dbl>
1 000       0    14  18.7 0.177      2                  0.554             0.258                  0.187 TRUE     NA         NA        NA       NA
> 

Тук обаче славянският компонент (HRV_Trogir_Byz_outlier) е южнославянски, т. е. вече е омешан с дославянското балканско население. Освен това салтовските проби са с доста ниско покритие.

[Кухулин 2.0]

В Г25:

[avtohton.org]

Първо на първо поздравления за динамичните включвания, много се радвам, че и други хора ползват тоя софтуер. Във форума на Българска наука бях скоропостижно баннат за задаване на въпрос на magotin дали може да цитира публикации в подкрепа на думите си така че там не коментирам.

Колкото до БГ Наука, ти подхождаш малко с рогата напред, което няма как да е продуктивно. Маготин не е просто всепризнат специалист в своята област, а се е нагърбил с нелеката задача да координира маса други области с други хора в тях. И отгоре на всичкото е политик. Такива хора не се питат за публикации в подкрепа на думите им, защото не са длъжни да разбират в дълбочина всичко, което говорят. Техните думи имат съвсем различни задачи, не по-малко важни за общото благо.

Честно казано бях отвратен, че можеш да наречеш Маготин "всепризнат специалист в своята област", затова не влизах във форума известно време . Ето какво мисля аз по въпроса - http://avtohton.org/2023/05/kratyk-nary ... -genetici/

[avtohton.org]

Следователно хубавите десни популации са тези, които в пълнота могат да обяснят генома на таргета. А хубавите леви популации са тези, които могат да послужат за проводник на този поток. Следователно колкото повече популации, толкова по-добре. И тук идва гредичката - колкото повече популации, толкова по-ненадеждни са сметките в чисто математически план. Трява да се търси конкретен оптимум.

Не знам дали по-късно си разбрал, но десните популации трябва да са такива, с които левите и таргетът нямат нищо общо. Outgroups. Което е нещо коренно различно от това, което си написал тук. Ето скрийншот от документацията:

[Кухулин 2.0]

Честно казано бях отвратен, че можеш да наречеш Маготин "всепризнат специалист в своята област", затова не влизах във форума известно време . Ето какво мисля аз по въпроса - http://avtohton.org/2023/05/kratyk-nary ... -genetici/

Е, отвратен В тия работи човек трябва да има здрав стомах и да не се гнуси от нищо

Уважаемият Маготин без съмнение е специалист, просто генетиката не е неговата специалност. Но по въпросите на археологията в ПБД можем само да четем и да се учим. Лично аз съм научил много неща от него и в областта на лингвистиката, но наистина - доста отдавна и в началните стадии на интересите ми.

[Thorn]

Маготин Чобанов ли е?

Между другото - генетиката е биологическа наука, а не е част от историята. Езикът, самосъзнанието, религията, начинът на живот, материалната и духовната култура за историята са далеч по-важни от конкретния генетичен произход на индивида. Иначе си отиваме до биологичен детерминизъм или направо казано - расизъм.

[Кухулин 2.0]

Не знам дали по-късно си разбрал, но десните популации трябва да са такива, с които левите и таргетът нямат нищо общо. Outgroups. Което е нещо коренно различно от това, което си написал тук. Ето скрийншот от документацията:

Този израз "нямат нищо общо" е съвсем неясен в контекста на толкова контретна техническа тема. Няма как да нямат нищо общо, защото в крайна сметка всички сме Хомо сапиенс. Имаме много общо. Това, което не трябва да имат десните популации, е късен адмикс с останалите, след като са се отделили от дървото. Тоест желателно е да се разчита на дървововидна структура (ф4 = 0). При това първата дясна служи за основен аутгруп в модела - Мбути или нещо подобно.

За да разбереш механизма в дълбочина, разучи f4ratio. Там нещата се виждат много ясно.

[Кухулин 2.0]

Между другото - генетиката е биологическа наука, а не е част от историята. Езикът, самосъзнанието, религията, начинът на живот, материалната и духовната култура за историята са далеч по-важни от конкретния генетичен произход на индивида. Иначе си отиваме до биологичен детерминизъм или направо казано - расизъм.

Няма нищо лошо нито в "биологичния детерминизъм", нито в "расизма", стига да оперираме с коректно научно съдържание. Негрите са си негри, циганите са си цигани. Различават се генетично, различават се и културно. Би било доста глупаво обратното - да отричаме тези неща. А виж, причинно-следствените връзки ги обсъждахме в другата тема. Може да се каже, че днес в основата са културните различия, а генетиката е по-скоро техен резултат. Тоест да, в този смисъл културата е по-важна.

[Thorn]

Принципно не съм несъгласен.

[avtohton.org]

Този израз "нямат нищо общо" е съвсем неясен в контекста на толкова контретна техническа тема. Няма как да нямат нищо общо, защото в крайна сметка всички сме Хомо сапиенс. Имаме много общо. Това, което не трябва да имат десните популации, е късен адмикс с останалите, след като са се отделили от дървото. Тоест желателно е да се разчита на дървововидна структура (ф4 = 0). При това първата дясна служи за основен аутгруп в модела - Мбути или нещо подобно.

За да разбереш механизма в дълбочина, разучи f4ratio. Там нещата се виждат много ясно.

В твоя пример по-горе ти си ползвал:

Код за потвърждение: Избери целия код

right = c ("Mbuti.DG",
+                       "CHG",
+                       "EHG", 
+                       "IRN_Ganj_Dareh_N", 
+                       "ISR_Natufian_EpiP", 
+                       "Levant_PPN",
+                       "MAR_Taforalt_EpiP", 
+                       "RUS_AfontovaGora3", 
+                       "Mesopotamia",
+                       "RUS_MA1_HG", 
+                       "SRB_Iron_Gates_HG",
+                       "TUR_C_Boncuklu_PPN", 
+                       "TUR_Marmara_Barcin_N",
+                       "TUR_Pinarbasi_EpiP",
+                       "RUS_DevilsCave_N", 
+                       "CHN_Tianyuan",
+                       "WHG"), 

Т.е. си включил като "десни" множество популации, с които source и target имат много общо, в някои случаи може да са директни техни наследници.

[avtohton.org]

Уважаемият Маготин без съмнение е специалист, просто генетиката не е неговата специалност.

Тогава е жалко, че се представя като специалист по генетика, а при това не е в състояние да цитира дори една публикация.

[Кухулин 2.0]

В твоя пример по-горе ти си ползвал:

Код за потвърждение: Избери целия код

right = c ("Mbuti.DG",
+                       "CHG",
+                       "EHG", 
+                       "IRN_Ganj_Dareh_N", 
+                       "ISR_Natufian_EpiP", 
+                       "Levant_PPN",
+                       "MAR_Taforalt_EpiP", 
+                       "RUS_AfontovaGora3", 
+                       "Mesopotamia",
+                       "RUS_MA1_HG", 
+                       "SRB_Iron_Gates_HG",
+                       "TUR_C_Boncuklu_PPN", 
+                       "TUR_Marmara_Barcin_N",
+                       "TUR_Pinarbasi_EpiP",
+                       "RUS_DevilsCave_N", 
+                       "CHN_Tianyuan",
+                       "WHG"), 

Т.е. си включил като "десни" множество популации, с които source и target имат много общо, в някои случаи може да са директни техни наследници.

Няма никакъв проблем да са наследници, въпросът е отношението им да е близко до дървовидното. Погледни схемата в Патерсън 2012, фигура 4:



https://academic.oup.com/genetics/artic ... 65/5935193 (F4-ratio estimation)

Обърни внимание как се отнасят една към друга A, B и C.

А десните популации в моите модели съм ги взел директно от Лазаридис, за да са съвместими с неговите анализи (в суплемента на Южната дъга, стр. 181):

In all the analyses of
this section we use the following set of 15 “Right” outgroup populations:
Base: Mbuti.DG(407), CHG(7), EHG(8, 9), IRN_Ganj_Dareh_N(10),
ISR_Natufian_EpiP(10), Levant_PPN(10), MAR_Taforalt_EpiP(408), Mesopotamia,
RUS_AfontovaGora3(75), RUS_MA1_HG(409), SRB_Iron_Gates_HG(3),
TUR_C_Boncuklu_PPN(410), TUR_Marmara_Barcın_N ((9) and this study),
TUR_Pınarbaşı_EpiP(410), WHG(25, 75, 411)

Добавил съм само малко Източна Азия, защото той не изследва този компонент в главния анализ и не е включил такива групи.