Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Публикувай отговор
Tantin
Мнения: 699
Регистриран на: 17 Мар 2023, 17:55

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Мнение от Tantin »

Кухулин 2.0 написа: ↑13 Май 2023, 07:58
Tantin написа: ↑13 Май 2023, 07:46На следващото интервю на Чобанов не знам какво още могат да му припишат..
Подхождаш малко наивно към въпроса. Д-р Чобанов не може ей така в пряк текст отведнъж да свърже българите с Атила, по ред причини. Журналистите обаче могат "от неразбиране" да пишат това в заглавието. Какво да ги правиш - журналисти.
Ами и аз това се чудя.. Как така нашия приятел се е съгласил името му да краси такива статии, дето той надали би се подписал под тях.. А така едва ли не излиза че той ги казва тия твърдения... Аз мога да ги кажа, но точно Чобанов - надали... Щото Кавказ и Атила не са съвсем съвместими.. А Чобанов си продължава приказката за Сарматите и Кавказ.. Само дето Атилата ги бил забърсал тия сармати и затова дефакто прабългарите били също от отбора на хуните и Атила.. Едната от съпругите на Атила била германка.. По тая логика и германците са хуни и наследници на Атила..Наивността се поощрява и провокира от журналистите.. А Чобанов като дава такива интервюта на неграмотни журналисти сам си се набутва в капана на невежеството.. Както се казваше в песента: кервана си върви, кучетата си лаят.. Всеки си пее неговата песен. И май няма кой да слуша..
Кухулин 2.0
Мнения: 961
Регистриран на: 05 Май 2023, 18:02

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Мнение от Кухулин 2.0 »

Tantin написа: ↑13 Май 2023, 07:59Кои са тия дето защитават нещото със зъби и нокти?
=>
tantin написа:Тая ви статия за 2019 г. може и да е ставала. Но към днешна дата много се съмнявам да е все още актуална. Поддържате ли я или ще има нужда от тотално пренаписване?
_magotin_ написа:Не просто е актуална , а се потвърди от новите десетки образци. Резултатите от публикациите през 2022 със секвенирани средновековни геноми например изцяло попадат в предложения модел.
статията написа:the results reveal massive Caucasian component in both con-temporary Bulgarians and medieval Proto-Bulgarians, implying major contribu-tion of the Proto-Bulgarians to the contemporary Bulgarian genetic make-up
Кухулин 2.0
Мнения: 961
Регистриран на: 05 Май 2023, 18:02

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Мнение от Кухулин 2.0 »

Tantin написа: ↑13 Май 2023, 07:59Точно пък Нешева ли ? Ами че тя е от тракийските автохонистки..

29:50
Tantin
Мнения: 699
Регистриран на: 17 Мар 2023, 17:55

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Мнение от Tantin »

Кухулин 2.0 написа: ↑13 Май 2023, 08:50
Tantin написа: ↑13 Май 2023, 07:59Точно пък Нешева ли ? Ами че тя е от тракийските автохонистки..

29:50
Какво казва Нешева ? Тракийския компонент не бил голям у съвременните българи. А древния български / прабългарски компонент бил много по-голям ? Ами че и това хич не е така, къде го това проучване кой го бил казал ? Само голи приказки.. Въобще Нешева и тя си ги приказва малко както и падне..Ако и погледнем официалната научна публикация с нейното име, там май други неща тя е казала..
Bulgarians vs the other European populations: a mitochondrial DNA perspective


The observed pattern of mtDNA variation indicates that the Bulgarian mitochondrial pool is geographically homogeneous across the country, and that is characterized by an overall extremely high frequency of western Eurasian lineages. In the principal component analysis, Bulgarians locate in an intermediate position between Eastern European and Mediterranean populations, which is in agreement with historical events. Thus, while the Mediterranean legacy could be attributed to the Thracians, indigenous people that firstly inhabited the Balkans, the Eastern contribution is likely due to the Proto-Bulgarians originating from the Middle East and to the Slavs migrating from northeast Europe.


Conclusion
With the present study, we provide detailed information on
the Bulgarian mtDNA haplogroup diversity. Our analyses
show that almost the entire Bulgarian mtDNA pool consists
of West Eurasian lineages, some witnessing the Upper
Paleolithic (∼45–15 kya) colonization of Europe while
others marking the Mesolithic expansions (∼14.5–10 kya)
and the more recent onset of the Neolithic in Europe (from
∼8 kya) [23]. It is worth mentioning that historical events
are also of crucial importance to explain the current genetic
Bulgarian landscape and its localization in the PCA plot,
and the central position of Bulgaria probably reflects the
admixture of ancient populations of different origin. The
Mediterranean contribution, which in the PCA attracts
Bulgaria’s position far from the other eastern European
countries, could be attributed to the indigenous people that
inhabited the Balkans and in particular to the great Thracian
civilization which reached its apex during the 6th century
BC. On the other hand, the Eastern contribution is possibly
attributable to the initial Proto-Bulgarians, originating from
the Middle East, who merged with the Slavs during the
migration towards the Balkans.
Overall, the presented data may serve as a substantial
foundation for comparison with other populations and may
contribute to the establishment of databases suitable for
forensic casework.
А това дето го пише в статията публикувана от групата на Нешева че прабългарите били от Близкия Изток ( Middle East ) как ще го коментирате ?
В близкия изток са основно араби и перси.. Ако погледнете на ПСА къде се проектира близкия изток и къде са славяните, ясно че тия са го писали това не знам с какви аргументи..
Да го беше писала това само Нешева, как да е, ама то има още 3 имена под тая статия..
Tantin
Мнения: 699
Регистриран на: 17 Мар 2023, 17:55

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Мнение от Tantin »

Нека да излезе следваща официална публикация, пък тогава да коментираме.
Щото сега наши авторитети пишат едно, а приказват пред медиите друго, пък водещия журналист го тълкува по своему и си пише трето.
Кухулин 2.0
Мнения: 961
Регистриран на: 05 Май 2023, 18:02

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Мнение от Кухулин 2.0 »

Tantin написа: ↑13 Май 2023, 18:51 А това дето го пише в статията публикувана от групата на Нешева че прабългарите били от Близкия Изток ( Middle East ) как ще го коментирате ?
Къде я изрови тая статия от 2011-та :D Тогава докторките са били далеч от историята, а вероятно са били далеч и от археогенетиката. Просто публикация за бройка.
Tantin
Мнения: 699
Регистриран на: 17 Мар 2023, 17:55

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Мнение от Tantin »

Кухулин 2.0 написа: ↑14 Май 2023, 11:19
Tantin написа: ↑13 Май 2023, 18:51 А това дето го пише в статията публикувана от групата на Нешева че прабългарите били от Близкия Изток ( Middle East ) как ще го коментирате ?
Къде я изрови тая статия от 2011-та :D Тогава докторките са били далеч от историята, а вероятно са били далеч и от археогенетиката. Просто публикация за бройка.
Тая статия по случайност я хванах, първата от Гугъла дето ми попадна.
Потърси други ако искаш, но положението е същото ако не по-зле.
Историческите интерпретации на Нешева не струват и 5 пари. Медицинските не ги коментираме, там нямам база да оценям каквото и да било.
Някои хора по време на интервюта приказват свободни приказки. Обаче като се напишат нещата не върви да наричаш черното бяло.
Tantin
Мнения: 699
Регистриран на: 17 Мар 2023, 17:55

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Мнение от Tantin »

А ако искате погледнете тази статия в Нейчър:
https://www.nature.com/articles/s41598-019-41945-0

Ancient human mitochondrial genomes from Bronze Age Bulgaria: new insights into the genetic history of Thracians

Учудвам се защо са избрали Берекетската могила като представителна за траките..

https://www.rimstz.eu/%D0%B1%D0%B5%D1%8 ... 0%BB%D0%B0

Та Берекетската могила започва от VI-Vхил.пр.Хр. . А за траките дори не ги знем кога точно са се появили на Балканите.
Всякакви твърдения че
According to historical and archaeological sources, the Thracian culture flourished during the 2nd and 3rd millennia BCE12,13.
Тракийската култура процъфтявала през 2 и 3 хилядолетие преди новата ера.. Е да, ама последователността е обратната. Първо е 3 хилядолетие пне. после идва 2 хилядолетие пне.. после идва 1-во хилядолетие пне.. и после идва новата ерa..
Твърдения от типа че в 3-то хилядолетие преди новата ера траките били процъфтявали на Балканите - някъде да сте го срещали? Кой го е казал и доказал ?
А това го пишат в статия по Генетика, основаващо се само и единствено на митохондриалната ДНК...
После в други интервюта г-жа Нешева ще заяви че съвременните българи нямали много общо с траките, но пък имали общо с древните българи, наричани още прабългари.. Но така или иначе при нея това не са строги категории.. Това са относителни понятия.. Какво значение 2-3 век след новата ера или - 2-3 хил. пне ?
Съмнявам се че Южняка разбира генетиката и медицинската страна по-добре от Нешева.. Точно обратно, г-жа Нешева си е професионалистка в нейните си неща, но тия дето и подсказват с историческите събития нещо не са си свършили работата. За това не трябва на докторите да им се дава да изнасят исторически беседи , както и не трябва историци да ни учат на медицина..
Кухулин 2.0
Мнения: 961
Регистриран на: 05 Май 2023, 18:02

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Мнение от Кухулин 2.0 »

Малко цвят за темата, пък и да не пропада шарената картинка, ако ми я изтрият в БГ Наука :D

Изображение
Аватар
Thorn
Мнения: 4125
Регистриран на: 20 Окт 2021, 19:21

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Мнение от Thorn »

точно на прехода от ранната бронзова епоха към средната нямаше ли някакъв хиатус или разрушения или т.н. Грубо казано някъде около ХХ век? Евентуално идването на "траките" или прототраките?

Иначе споменавания за траки има при троянската война и при някои митове, свързани с герои, живяли поколение-две-три преди нея. В най-добрия случай средата на II хилядолетие.
Tantin
Мнения: 699
Регистриран на: 17 Мар 2023, 17:55

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Мнение от Tantin »

Thorn написа: ↑17 Май 2023, 18:56 точно на прехода от ранната бронзова епоха към средната нямаше ли някакъв хиатус или разрушения или т.н. Грубо казано някъде около ХХ век? Евентуално идването на "траките" или прототраките?

Иначе споменавания за траки има при троянската война и при някои митове, свързани с герои, живяли поколение-две-три преди нея. В най-добрия случай средата на II хилядолетие.
Този така наречен хиатус на картата на гените не се наблюдава. Може и да е имало някакво временно обезлюдаване на Балканите, може да е имало засушаване или друго, примерно чума..
Но генетичната картина за тоя участък е твърде гъсто населена, Балканското население е близко до населението на Егейските острови и Анатолия, от друга страна имат близост със западните Балкани и териториите над Дунава.
Примерно има разни древни индивиди, които са толкова отдалечени от съвременните хора, че на практика няма никой в непосредствена близост до тях.Обаче при Балканите от Неолита насам заселването е плътно, съответно и гентичната дистанция между групите е малка, дори и да е имало някакъв Хиатус той е неоткриваем по гените.
Кухулин 2.0
Мнения: 961
Регистриран на: 05 Май 2023, 18:02

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Мнение от Кухулин 2.0 »

Thorn написа: ↑17 Май 2023, 18:56 точно на прехода от ранната бронзова епоха към средната нямаше ли някакъв хиатус или разрушения или т.н. Грубо казано някъде около ХХ век? Евентуално идването на "траките" или прототраките?
Има много археологически хиатуси, включително през бронза. Аз обаче досега не съм видял някой от тях да е потвърден генетически. А и не е логично. Дори най-върлият завоевател едва ли ще има нещо против да прилапа местните жени. Може да обезлюди големите селища, но гените си остават. Нека видим какво ще покаже новото изследване с хиатуса в Северна България.
Кухулин 2.0
Мнения: 961
Регистриран на: 05 Май 2023, 18:02

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Мнение от Кухулин 2.0 »

avtohton.org написа: ↑01 Апр 2023, 10:54
Кухулин написа: ↑01 Апр 2023, 10:38 Няма как ДНК-то на КА да е близо до съвременните българи, защото има много по-висок неолит и много по-ниска Ямна от тях.
В примера от статията съм ползвал Fst/F2 метод. Той взима осреднени стойности за популациите.

Код за потвърждение: Избери целия код

✔ 597573 SNPs read in total
! 486657 SNPs remain after filtering. 333886 are polymorphic.
...
  pop1              pop2             est       se
  <chr>             <chr>          <dbl>    <dbl>
1 Bulgaria_EIA      Bulgarian.HO 0.00754 0.000236
2 Bulgaria_Medieval Bulgarian.HO 0.0479  0.000631
По-ниско est означава по-голяма близост.

Популацията от Капитан Андреево действително излиза по-близка до съвременните българи, отколкото дори тези от Ряховец. По този метод. Други методи могат да покажат други неща.
Няколко месеца по-късно мога да се включа по този въпрос. Fst не е много надеждна, затова долните сметки са с outgroup f3. Популациите са групирани в съответствие с Южната дъга (файл science.abm4247_data_s4.xlsx от суплемента). https://www.science.org/doi/10.1126/science.abm4247

Код за потвърждение: Избери целия код

        pop1         pop2                   pop3       est          se         z p      n
 1: Mbuti.DG Bulgarian.HO     BGR_Samovodene_Mdv 0.2662834 0.002351692 113.23053 0 461825
 2: Mbuti.DG Bulgarian.HO     BGR_Tell_Ezero_EBA 0.2711282 0.002387292 113.57146 0 255963
 3: Mbuti.DG Bulgarian.HO BGR_Veliko_Tarnovo_Mdv 0.2712790 0.002359272 114.98418 0 409604
 4: Mbuti.DG Bulgarian.HO     BGR_Dzhulyunitsa_N 0.2727625 0.002145638 127.12420 0 544611
 5: Mbuti.DG Bulgarian.HO BGR_KapitanAndreevo_IA 0.2732850 0.002105296 129.80830 0 567001
 6: Mbuti.DG Bulgarian.HO       BGR_TellKran_EBA 0.2733187 0.002255880 121.15836 0 382230
 7: Mbuti.DG Bulgarian.HO                BGR_ChL 0.2733954 0.002114910 129.27045 0 555852
 8: Mbuti.DG Bulgarian.HO             BGR_RomByz 0.2734331 0.003372481  81.07774 0  72877
 9: Mbuti.DG Bulgarian.HO                BGR_Anc 0.2736780 0.002574819 106.29016 0 221466
10: Mbuti.DG Bulgarian.HO    BGR_Dzhulyunitsa_IA 0.2752931 0.002459514 111.92985 0 385997
11: Mbuti.DG Bulgarian.HO      BGR_Ryahovets_Mdv 0.2755243 0.002423111 113.70681 0 437598

Код за потвърждение: Избери целия код

     pop1         pop2                   pop3       est          se         z p      n
 1: Yoruba.DG Bulgarian.HO     BGR_Samovodene_Mdv 0.1651407 0.001547578 106.70912 0 461827
 2: Yoruba.DG Bulgarian.HO     BGR_Tell_Ezero_EBA 0.1680112 0.001506095 111.55419 0 255963
 3: Yoruba.DG Bulgarian.HO BGR_Veliko_Tarnovo_Mdv 0.1681249 0.001578449 106.51271 0 409604
 4: Yoruba.DG Bulgarian.HO                BGR_Anc 0.1693964 0.001678928 100.89556 0 221466
 5: Yoruba.DG Bulgarian.HO     BGR_Dzhulyunitsa_N 0.1697574 0.001296138 130.97175 0 544612
 6: Yoruba.DG Bulgarian.HO       BGR_TellKran_EBA 0.1698623 0.001401074 121.23727 0 382231
 7: Yoruba.DG Bulgarian.HO                BGR_ChL 0.1700096 0.001266623 134.22277 0 555853
 8: Yoruba.DG Bulgarian.HO BGR_KapitanAndreevo_IA 0.1701166 0.001248219 136.28741 0 567002
 9: Yoruba.DG Bulgarian.HO    BGR_Dzhulyunitsa_IA 0.1714285 0.001664765 102.97458 0 385999
10: Yoruba.DG Bulgarian.HO      BGR_Ryahovets_Mdv 0.1714959 0.001569991 109.23371 0 437600
11: Yoruba.DG Bulgarian.HO             BGR_RomByz 0.1752449 0.002312391  75.78514 0  72877
Тук по-високите стойности на "est" означават по-близки популации. Мбути и Йоруба имат някои специфики, затова поствам и двете.

Като цяло се вижда, че от баш-траките най-близо до нас е Джулюница, веднага след Ряховец. Всъщност групирането е много плътно - с точност до третия и четвъртия знак съответно. Капитан Андреево бяга назад.

Пробата BGR_RomByz (300-500 CE, близо до Елхово) е отделен и доста интересен въпрос, но за съжаление не е с превъзходно качество.

Ти пробвал ли си да моделираш съвременните българи в qpAdm?
avtohton.org
Мнения: 432
Регистриран на: 30 Мар 2023, 09:09

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Мнение от avtohton.org »

Кухулин 2.0 написа: ↑07 Юни 2023, 09:34 Няколко месеца по-късно мога да се включа по този въпрос.
Първо на първо поздравления за динамичните включвания, много се радвам, че и други хора ползват тоя софтуер. Във форума на Българска наука бях скоропостижно баннат за задаване на въпрос на magotin дали може да цитира публикации в подкрепа на думите си :D така че там не коментирам.
Кухулин 2.0 написа: ↑07 Юни 2023, 09:34 Ти пробвал ли си да моделираш съвременните българи в qpAdm?
Да, пробвал съм, но на мен лично не ми харесва много тази функция qpAdm. Много зависи от подбора на популации, най-вече "right populations". Разбирам я как работи, но имам чувството, че други хора не я разбират. В публикациите на Лазаридис и ко. май винаги пишат какво са избрали за "right populations" и тогава може да се пробва да се репликират резултатите им. Но защо са избрали точно тези десни популации, а не други, това си е тяхно решение просто. Ти откри ли нещо интересно? Мога да коментирам твоите резултати.
Tantin
Мнения: 699
Регистриран на: 17 Мар 2023, 17:55

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Мнение от Tantin »

Кухулин 2.0 написа: ↑07 Юни 2023, 09:34
avtohton.org написа: ↑01 Апр 2023, 10:54
Кухулин написа: ↑01 Апр 2023, 10:38 Няма как ДНК-то на КА да е близо до съвременните българи, защото има много по-висок неолит и много по-ниска Ямна от тях.
В примера от статията съм ползвал Fst/F2 метод. Той взима осреднени стойности за популациите.

Код за потвърждение: Избери целия код

✔ 597573 SNPs read in total
! 486657 SNPs remain after filtering. 333886 are polymorphic.
...
  pop1              pop2             est       se
  <chr>             <chr>          <dbl>    <dbl>
1 Bulgaria_EIA      Bulgarian.HO 0.00754 0.000236
2 Bulgaria_Medieval Bulgarian.HO 0.0479  0.000631
По-ниско est означава по-голяма близост.

Популацията от Капитан Андреево действително излиза по-близка до съвременните българи, отколкото дори тези от Ряховец. По този метод. Други методи могат да покажат други неща.
Няколко месеца по-късно мога да се включа по този въпрос. Fst не е много надеждна, затова долните сметки са с outgroup f3. Популациите са групирани в съответствие с Южната дъга (файл science.abm4247_data_s4.xlsx от суплемента). https://www.science.org/doi/10.1126/science.abm4247

Код за потвърждение: Избери целия код

        pop1         pop2                   pop3       est          se         z p      n
 1: Mbuti.DG Bulgarian.HO     BGR_Samovodene_Mdv 0.2662834 0.002351692 113.23053 0 461825
 2: Mbuti.DG Bulgarian.HO     BGR_Tell_Ezero_EBA 0.2711282 0.002387292 113.57146 0 255963
 3: Mbuti.DG Bulgarian.HO BGR_Veliko_Tarnovo_Mdv 0.2712790 0.002359272 114.98418 0 409604
 4: Mbuti.DG Bulgarian.HO     BGR_Dzhulyunitsa_N 0.2727625 0.002145638 127.12420 0 544611
 5: Mbuti.DG Bulgarian.HO BGR_KapitanAndreevo_IA 0.2732850 0.002105296 129.80830 0 567001
 6: Mbuti.DG Bulgarian.HO       BGR_TellKran_EBA 0.2733187 0.002255880 121.15836 0 382230
 7: Mbuti.DG Bulgarian.HO                BGR_ChL 0.2733954 0.002114910 129.27045 0 555852
 8: Mbuti.DG Bulgarian.HO             BGR_RomByz 0.2734331 0.003372481  81.07774 0  72877
 9: Mbuti.DG Bulgarian.HO                BGR_Anc 0.2736780 0.002574819 106.29016 0 221466
10: Mbuti.DG Bulgarian.HO    BGR_Dzhulyunitsa_IA 0.2752931 0.002459514 111.92985 0 385997
11: Mbuti.DG Bulgarian.HO      BGR_Ryahovets_Mdv 0.2755243 0.002423111 113.70681 0 437598

Код за потвърждение: Избери целия код

     pop1         pop2                   pop3       est          se         z p      n
 1: Yoruba.DG Bulgarian.HO     BGR_Samovodene_Mdv 0.1651407 0.001547578 106.70912 0 461827
 2: Yoruba.DG Bulgarian.HO     BGR_Tell_Ezero_EBA 0.1680112 0.001506095 111.55419 0 255963
 3: Yoruba.DG Bulgarian.HO BGR_Veliko_Tarnovo_Mdv 0.1681249 0.001578449 106.51271 0 409604
 4: Yoruba.DG Bulgarian.HO                BGR_Anc 0.1693964 0.001678928 100.89556 0 221466
 5: Yoruba.DG Bulgarian.HO     BGR_Dzhulyunitsa_N 0.1697574 0.001296138 130.97175 0 544612
 6: Yoruba.DG Bulgarian.HO       BGR_TellKran_EBA 0.1698623 0.001401074 121.23727 0 382231
 7: Yoruba.DG Bulgarian.HO                BGR_ChL 0.1700096 0.001266623 134.22277 0 555853
 8: Yoruba.DG Bulgarian.HO BGR_KapitanAndreevo_IA 0.1701166 0.001248219 136.28741 0 567002
 9: Yoruba.DG Bulgarian.HO    BGR_Dzhulyunitsa_IA 0.1714285 0.001664765 102.97458 0 385999
10: Yoruba.DG Bulgarian.HO      BGR_Ryahovets_Mdv 0.1714959 0.001569991 109.23371 0 437600
11: Yoruba.DG Bulgarian.HO             BGR_RomByz 0.1752449 0.002312391  75.78514 0  72877
Тук по-високите стойности на "est" означават по-близки популации. Мбути и Йоруба имат някои специфики, затова поствам и двете.

Като цяло се вижда, че от баш-траките най-близо до нас е Джулюница, веднага след Ряховец. Всъщност групирането е много плътно - с точност до третия и четвъртия знак съответно. Капитан Андреево бяга назад.

Пробата BGR_RomByz (300-500 CE, близо до Елхово) е отделен и доста интересен въпрос, но за съжаление не е с превъзходно качество.

Ти пробвал ли си да моделираш съвременните българи в qpAdm?
Имам малък коментар, забележка: не съм сигурен че тълкуваш правилно високите стойности за "по-близки" .
Според мен е обратното, по-ниските са по-близки към съвременните българи Bulgarian.HO.
Мога да дам векторно обяснение. Но и не претендирам да съм на 100% уверен в коментара ми.
Проблема е в това че дългия вектор Йоруба- тест и късия вектор : българите -тест се менят едновременно с тестовата популация.
Ако ползваме Ф4 е малко по-лесно за тълккуване, но с Ф3 нещата са различни.
Ако Ф3 (ест) = 0, това ще да рече че или късия вектор е нулев, или е перпендикулярен на дългия референтен вектор. А ако Ф3 е отрицателно е дори още по-добре, тогава тест се намества между Йоруба и съвременните българи и е гарантирано предшественик..
Tantin
Мнения: 699
Регистриран на: 17 Мар 2023, 17:55

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Мнение от Tantin »

avtohton.org написа: ↑07 Юни 2023, 17:36 Да, пробвал съм, но на мен лично не ми харесва много тази функция qpAdm. Много зависи от подбора на популации, най-вече "right populations". Разбирам я как работи, но имам чувството, че други хора не я разбират. В публикациите на Лазаридис и ко. май винаги пишат какво са избрали за "right populations" и тогава може да се пробва да се репликират резултатите им. Но защо са избрали точно тези десни популации, а не други, това си е тяхно решение просто. Ти откри ли нещо интересно? Мога да коментирам твоите резултати.
Коментирай, да видим ти как ги разбираш?
Кухулин 2.0
Мнения: 961
Регистриран на: 05 Май 2023, 18:02

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Мнение от Кухулин 2.0 »

avtohton.org написа: ↑07 Юни 2023, 17:36Първо на първо поздравления за динамичните включвания, много се радвам, че и други хора ползват тоя софтуер. Във форума на Българска наука бях скоропостижно баннат за задаване на въпрос на magotin дали може да цитира публикации в подкрепа на думите си :D така че там не коментирам.
Благодаря. Материята се оказа доста сложна и имам чувството, че по някое време дори любителски умения като нашите няма да са излишни, поне в роден контекст. Те и сега може би не са излишни :) Добре е да сме подготвени и да обсъждаме активно темите, защото така се получават хубавите неща.

Колкото до БГ Наука, ти подхождаш малко с рогата напред, което няма как да е продуктивно. Маготин не е просто всепризнат специалист в своята област, а се е нагърбил с нелеката задача да координира маса други области с други хора в тях. И отгоре на всичкото е политик. Такива хора не се питат за публикации в подкрепа на думите им, защото не са длъжни да разбират в дълбочина всичко, което говорят. Техните думи имат съвсем различни задачи, не по-малко важни за общото благо.

Друг е въпросът, че трябва да има специалисти от съответния екип, които да вземат отношение по такива явни дупки в повествованието. А Южняка се покри някъде.

avtohton.org написа: ↑07 Юни 2023, 17:36 Да, пробвал съм, но на мен лично не ми харесва много тази функция qpAdm. Много зависи от подбора на популации, най-вече "right populations". Разбирам я как работи, но имам чувството, че други хора не я разбират. В публикациите на Лазаридис и ко. май винаги пишат какво са избрали за "right populations" и тогава може да се пробва да се репликират резултатите им. Но защо са избрали точно тези десни популации, а не други, това си е тяхно решение просто. Ти откри ли нещо интересно? Мога да коментирам твоите резултати.
Аз така и не успях да възпроизведа напълно 5-компонентния модел на Лазаридис, макар да следвах описанието му буква по буква. Което няма как да радва, понеже влиза в конфликт с основни принципи в науката. Но както и да е.

qpAdm наистина е много капризна, аз също доста я псувам. Всички модели трябва да се придружават с отделна проверка по другите статистики, иначе никаква надеждност няма. Колкото до избора на десните популации... сложна работа. Реално, ако погледнем в дълбочина, именно десните популации дават компонентите. Левите популации служат просто за проводник на дрифта. За да има добър модел, трябва целият дрифт да се поеме от този проводник и нищо да не минава покрай него. Затова и хубавите модели са с високи п-стойности - защото нулевата хипотеза е, че целият дрифт минава директно от десните към таргета. За да е добър моделът, тази хипотеза трябва да се унищожи.

Следователно хубавите десни популации са тези, които в пълнота могат да обяснят генома на таргета. А хубавите леви популации са тези, които могат да послужат за проводник на този поток. Следователно колкото повече популации, толкова по-добре. И тук идва гредичката - колкото повече популации, толкова по-ненадеждни са сметките в чисто математически план. Трява да се търси конкретен оптимум.

Дали съм открил нещо интересно... рано ми е да правя заключения. Съвременните българи се оказаха крайно трудни за моделиране. Много странно. Превъртях доста модели - много хиляди, ако включим подмоделите. Естествено под скриптове, тъй че може нещо някъде да съм изпуснал. Но във всички що-годе читави резултати отгоре изплува този византиец със 135к снипа. Чудя се дали е заради лошата проба или пък наистина в него е разковничето.
Кухулин 2.0
Мнения: 961
Регистриран на: 05 Май 2023, 18:02

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Мнение от Кухулин 2.0 »

Tantin написа: ↑07 Юни 2023, 18:42Имам малък коментар, забележка: не съм сигурен че тълкуваш правилно високите стойности за "по-близки" .
Според мен е обратното, по-ниските са по-близки към съвременните българи Bulgarian.HO.
Мога да дам векторно обяснение. Но и не претендирам да съм на 100% уверен в коментара ми.
Проблема е в това че дългия вектор Йоруба- тест и късия вектор : българите -тест се менят едновременно с тестовата популация.
Ако ползваме Ф4 е малко по-лесно за тълккуване, но с Ф3 нещата са различни.
Ако Ф3 (ест) = 0, това ще да рече че или късия вектор е нулев, или е перпендикулярен на дългия референтен вектор. А ако Ф3 е отрицателно е дори още по-добре, тогава тест се намества между Йоруба и съвременните българи и е гарантирано предшественик..
Според мен определяш грешно векторите. В f3(pop1, pop2, pop3) първият вектор е pop1-pop2, а вторият е pop1-pop3. Тоест Йоруба - БГ и Йоруба - тест. Няма значение кой е дълъг и кой е къс, защото проекцията събира всичко върху първия вектор. Както окръжността на Аполоний от Перге, която обсъждахме с теб навремето по повод д3-статистиката в Г25. Не може единият вектор да прескочи другия и произведението да стане отрицателно. Винаги е положително. За да имаш нулева стойност на ф3, трябва векторите да са перпендикулярни, обаче върхът на този ъгъл в случая са негрите, които са на майната си. Няма как да се получи прав ъгъл, освен ако не смятаме някакви африкански популации. А за тази цел имаме на разположение маймунката :)
Кухулин 2.0
Мнения: 961
Регистриран на: 05 Май 2023, 18:02

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Мнение от Кухулин 2.0 »

Кухулин 2.0 написа: ↑07 Юни 2023, 21:29Превъртях доста модели - много хиляди, ако включим подмоделите. Естествено под скриптове, тъй че може нещо някъде да съм изпуснал. Но във всички що-годе читави резултати отгоре изплува този византиец със 135к снипа. Чудя се дали е заради лошата проба или пък наистина в него е разковничето.
Един пример:

Изображение

Изображение
Tantin
Мнения: 699
Регистриран на: 17 Мар 2023, 17:55

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Мнение от Tantin »

Кухулин 2.0 написа: ↑07 Юни 2023, 21:46
Tantin написа: ↑07 Юни 2023, 18:42Имам малък коментар, забележка: не съм сигурен че тълкуваш правилно високите стойности за "по-близки" .
Според мен е обратното, по-ниските са по-близки към съвременните българи Bulgarian.HO.
Мога да дам векторно обяснение. Но и не претендирам да съм на 100% уверен в коментара ми.
Проблема е в това че дългия вектор Йоруба- тест и късия вектор : българите -тест се менят едновременно с тестовата популация.
Ако ползваме Ф4 е малко по-лесно за тълккуване, но с Ф3 нещата са различни.
Ако Ф3 (ест) = 0, това ще да рече че или късия вектор е нулев, или е перпендикулярен на дългия референтен вектор. А ако Ф3 е отрицателно е дори още по-добре, тогава тест се намества между Йоруба и съвременните българи и е гарантирано предшественик..
Според мен определяш грешно векторите. В f3(pop1, pop2, pop3) първият вектор е pop1-pop2, а вторият е pop1-pop3. Тоест Йоруба - БГ и Йоруба - тест. Няма значение кой е дълъг и кой е къс, защото проекцията събира всичко върху първия вектор. Както окръжността на Аполоний от Перге, която обсъждахме с теб навремето по повод д3-статистиката в Г25. Не може единият вектор да прескочи другия и произведението да стане отрицателно. Винаги е положително. За да имаш нулева стойност на ф3, трябва векторите да са перпендикулярни, обаче върхът на този ъгъл в случая са негрите, които са на майната си. Няма как да се получи прав ъгъл, освен ако не смятаме някакви африкански популации. А за тази цел имаме на разположение маймунката :)
Провери го това още един път.
Аз съм почти убеден, щото доста съм ги въртял.
F3(a,b,c)
F3=<(c-a)(c-b)>

https://gaworkshop.readthedocs.io/en/la ... f3/f3.html

Specifically we define

F4(A,B;C,D)=⟨(a−b)(c−d)⟩.
При ф4 се взимат едно след друго. Това е разликата.

https://compvar-workshop.readthedocs.io ... stats.html
Публикувай отговор