Форумът на Thorn

avtohton.org написа: ↑03 Юли 2023, 13:49
Кухулин 2.0 написа: ↑03 Юли 2023, 12:28 Уважаемият Маготин без съмнение е специалист, просто генетиката не е неговата специалност.
Тогава е жалко, че се представя като специалист по генетика, а при това не е в състояние да цитира дори една публикация.

Това може и да е жалко, но пък не е жалко,че се изследват хиляди български проби на аванта. Едното върви в комплект с другото и резултатът е повече от радостен. Нищо не е черно и бяло в този живот, приятелю. Всичко сивее

Кухулин 2.0 написа: ↑03 Юли 2023, 19:12 А десните популации в моите модели съм ги взел директно от Лазаридис, за да са съвместими с неговите анализи (в суплемента на Южната дъга, стр. 181):

In all the analyses of
this section we use the following set of 15 “Right” outgroup populations:
Base: Mbuti.DG(407), CHG(7), EHG(8, 9), IRN_Ganj_Dareh_N(10),
ISR_Natufian_EpiP(10), Levant_PPN(10), MAR_Taforalt_EpiP(408), Mesopotamia,
RUS_AfontovaGora3(75), RUS_MA1_HG(409), SRB_Iron_Gates_HG(3),
TUR_C_Boncuklu_PPN(410), TUR_Marmara_Barcın_N ((9) and this study),
TUR_Pınarbaşı_EpiP(410), WHG(25, 75, 411)

Лазаридис (в суплемента на Южната дъга, стр. 181) пише:

We consider all the populations of Base except Mbuti also as sources

Ако искаш да го копираш, трябваше и в твоето left да сложиш тези популации, с изключение на Mbuti. Ти беше сложил:

Код за потвърждение: Избери целия код

left = c ("HRV_Trogir_Byz_outlier",
+                       "RUS_SaltovoMayaki",
+                       "BGR_KapitanAndreevo_IA"),

Кухулин 2.0 написа: ↑03 Юли 2023, 19:12 Добавил съм само малко Източна Азия, защото той не изследва този компонент в главния анализ и не е включил такива групи.

Лазаридис (в суплемента на Южната дъга, стр. 181) пише:

We also add the following sources:

Additional Sources: RUS_Yamnaya_Samara_EBA(8, 9, 34), IRN_HajjiFiruz_ChL ((34)
and this study), IRN_Seh_Gabi_ChL(10), IRN_TepeHissar_ChL(34)

The above additional sources are more recent in age than the sources of Base and hence less
suitable to use as outgroups, so we confine their use only as Sources to account for ancestry in
the Southern Arc from the north/east that may not be captured as well by the much earlier
EHG/IRN_Ganj_Dareh_N included in the Base.

Т.е. той явно е взел предвид и Азия, макар и не най-източна.

avtohton.org написа: ↑03 Юли 2023, 19:40Ако искаш да го копираш, трябваше и в твоето left да сложиш тези популации, с изключение на Mbuti. Ти беше сложил:
Код за потвърждение: Избери целия код
left = c ("HRV_Trogir_Byz_outlier",
+                       "RUS_SaltovoMayaki",
+                       "BGR_KapitanAndreevo_IA"),

В случая не искам да го копирам, затова не съм ги сложил. Не мога много добре да разбера какъв е проблемът. Според теб какви десни популации трябва да ползвам?

avtohton.org написа: ↑03 Юли 2023, 19:40 Т.е. той явно е взел предвид и Азия, макар и не най-източна.

Там има и отделни анализи с ИА, виж стр. 7.

Кухулин 2.0 написа: ↑03 Юли 2023, 19:52 В случая не искам да го копирам, затова не съм ги сложил. Не мога много добре да разбера какъв е проблемът. Според теб какви десни популации трябва да ползвам?

Аз като съм си играл, съм ползвал само Mbuti и подобни, с които не сме се смесвали много отдавна, например Khomani San (бушмени), Mixe (американски индианци). Може и шимпанзе, макак и т.н.

Кухулин 2.0 написа: ↑03 Юли 2023, 19:52 Не мога много добре да разбера какъв е проблемът.

Иначе проблемът е в това, че алгоритъмът търси как да моделира target на базата на source, след като изключи right.

https://uqrmaie1.github.io/admixtools/a ... ml#qpadm-1

if both models have the same rank (no extra gene flow between T and R), then T can be modeled as a combination of populations in L, and we can estimate the relative contribution of each population.

Значи ако имаш в target двама българи, а в right имаш типичните земеделци TUR_Marmara_Barcın_N, алгоритъмът ще "извади" от българите всичкото земеделско и ще смята само с остатъка.

avtohton.org написа: ↑03 Юли 2023, 20:33
Кухулин 2.0 написа: ↑03 Юли 2023, 19:52 Не мога много добре да разбера какъв е проблемът.
Иначе проблемът е в това, че алгоритъмът търси как да моделира target на базата на source, след като изключи right.

https://uqrmaie1.github.io/admixtools/a ... ml#qpadm-1

if both models have the same rank (no extra gene flow between T and R), then T can be modeled as a combination of populations in L, and we can estimate the relative contribution of each population.
Значи ако имаш в target двама българи, а в right имаш типичните земеделци TUR_Marmara_Barcın_N, алгоритъмът ще "извади" от българите всичкото земеделско и ще смята само с остатъка.

Интерпретираш грешно цитирания текст. В случая "no extra gene flow between T and R" означава, че левите популации успяват да прокарат през себе си целия поток от дясната страна до таргета. Нищо не остава извън тях, оттам и "no extra". В този случай, когато няма неовладян поток, вече могат да се смятат надеждни модели. А иначе няма голям смисъл да гледаш какво идва от левите към таргета, ако половината поток остава някъде встрани извън полезрението.

qpAdm therefore produces two types of output that are of main interest: A p-value which tests whether there is a connection between R and T, other than through L, and (if the answer to the last question is no), admixture weights which can tell us in what proportions populations in L have contributed to T.

Кухулин 2.0 написа: ↑03 Юли 2023, 21:05 В случая "no extra gene flow between T and R" означава, че левите популации успяват да прокарат през себе си целия поток от дясната страна до таргета. Нищо не остава извън тях, оттам и "no extra". В този случай, когато няма неовладян поток, вече могат да се смятат надеждни модели. А иначе няма голям смисъл да гледаш какво идва от левите към таргета, ако половината поток остава някъде встрани извън полезрението.

Аз казвам същото като теб. Няма голям смисъл да гледаш какво идва от левите към таргета, ако половината поток остава някъде встрани извън полезрението. Значи няма голям смисъл да гледаш какво идва от византиец от южен тип към българите, ако половината поток остава някъде встрани, в ранните земеделци от Барджън.

avtohton.org написа: ↑03 Юли 2023, 21:10
Кухулин 2.0 написа: ↑03 Юли 2023, 21:05 В случая "no extra gene flow between T and R" означава, че левите популации успяват да прокарат през себе си целия поток от дясната страна до таргета. Нищо не остава извън тях, оттам и "no extra". В този случай, когато няма неовладян поток, вече могат да се смятат надеждни модели. А иначе няма голям смисъл да гледаш какво идва от левите към таргета, ако половината поток остава някъде встрани извън полезрението.
Аз казвам същото като теб. Няма голям смисъл да гледаш какво идва от левите към таргета, ако половината поток остава някъде встрани извън полезрението. Значи няма голям смисъл да гледаш какво идва от византиец от южен тип към българите, ако половината поток остава някъде встрани, в ранните земеделци от Барджън.

Значи търсим друг модел - с по-добри параметри. Висока п-стойност, приемливи компоненти (положителни или леко отрицателни).

Изгледах малко новини от Автохон.
Най ми хареса линка към предаването Деси Нешева:

По отношение на други разни твърдения за автохонството и още повече разни твърдения от Илиан Йорданов - там за сега без коментари..

Който желае да прави научни твърдения за предпочитане да си подготви публикации и да публикува там дето му е мястото. А правещи наука по форумите и по телевизионни студия станаха доста много.. Само че ползата от такива телевизионни изяви е доста съмнителна.. Включително от блогове и фейсбук групите..
Примерно същия тоя Илиан Йорданов гледам е сложил 5-10 съмнителни публикации някъде из фейсбука и аудиторията му вече се е изпокарала едни с други, заради което той ги заплашва с 1 месечен бан..
(ако така се правеше наука, пази боже)..
Приятно съм изненадан че Деси Нешева тоя път се въздържа от невъздържани коментари по отношение траки славяни и прабългари и беше максимално предпазлива, не се издъни ни един път в предаването, за което можем да я поздравим. Иначе най-редовно нашите палео-генетици и псевдо- научници редовно се дънят на глупави журналистически закачки и коментари..

Мани тия фейсбуци, ами кажи какво става с новите халколитни проби. Има ли нещо интересно?

Кухулин 2.0 написа: ↑04 Юли 2023, 06:39 Мани тия фейсбуци, ами кажи какво става с новите халколитни проби. Има ли нещо интересно?

Човек ! Загадката е пълна ! Вместо да се проясни работата имам чувството че още повече се оплита...
Но нека по същество. Излязоха данните от сума ти Балкански и източно-Европейски проби.
При нас това са няколко проби от един некропол - Лозянската могила до село Бояново...
Мястото е страхотно там, на 500 метра или километър от Река Тунджа..
А и могилата не е каква да е. Има цели 21 погребения от ранния халколит през средния халколит до някакъв знатен тракиец до около 500-400г пне...
Има страхотна статия от Даниела Агре по въпроса за тая могила, но все пак е на английски. На български има парчета с инфо от тук и там..
Сега по въпроса с погребенията в тая могила: явно че се е ползвало за гробище на местните.. При това са почнали да ползват тая могила допреди да дойдат ямненците.
Защо го твърдя така? Ами така се получава на ПСА графиката. Най-ранните погребани отдолу имат по-малка близост с ямненци. А тия по-отгоре дето би трябвало да са най-последните дават данни все едно че са от Ямная и от Афанасиево..
И как така се получава това? Излиза че Могилата си е била местен обичай, местно ползване, а някакви новодошли герои или благородници от Севера са се наместили наготово и на топло в традиционното балканско гробище..
Аз поне така си го интерпретирам за себе си..
А иначе Могилката си е старичка: на около 4500 - до 5000 годишна е.
Тоест съвпада по време с пристигане на индо-европейците от севера.
Примерно много от тия царските тракийски могили до Казанлък са доста новички, само на около 2500 годинки..
А тая от Бояново излиза че е на двойно повече..
Имаме какво ли не в тая могила, имаме и J, мисля че има и от I, има и сума ти R..
Но все пак официалната публикация от Йоханес Краус не е излязла. Дано да я пуснат по-скоро.
Дефакто тия индивиди от Бояново, особено от последните погребения от средния Халколит все едно са ги докарали от Ямна.. Но те са върху няколко слоя предишни, които пък са по-близки към Костолац - в Сърбия.. А варненци: колкото искаш .. В това изследване на Краус излизат множество нови индивиди от културата Варна и всички те накуп отиват директно до Анатолииците и ранните фермери.. Буквално идентични с тях.. Докато Бояновци са от северните завоеватели, тия дето са видели сметката на предишната балканска култура. Но реално северняците не са подложили всичко под ножа. Примерно варненци може и да са били затрити, докато бояновци са се омесили яко.. И смея да предположа че от там тия северняци са продължили надолу към Гърция и са подхванали гръцката култура, тоест създали са я .. Каквито бяха там микенци, дорийци, и прочие.. Затова си мисля че от нашите могили ще изскочи връзката, брънката със севера.

Интересно, благодаря ти.

Tantin написа: ↑04 Юли 2023, 04:16 Примерно същия тоя Илиан Йорданов гледам е сложил 5-10 съмнителни публикации някъде из фейсбука и аудиторията му вече се е изпокарала едни с други, заради което той ги заплашва с 1 месечен бан..
(ако така се правеше наука, пази боже)..

Аз бях баннат след една молба за цитат на публикация от Българска Наука. (ако така се правеше наука, пази боже)..

Tantin написа: ↑04 Юли 2023, 07:11 Излязоха данните от сума ти Балкански и източно-Европейски проби.

Има ли линк?

Tantin написа: ↑04 Юли 2023, 04:16 Приятно съм изненадан че Деси Нешева тоя път се въздържа от невъздържани коментари по отношение траки славяни и прабългари и беше максимално предпазлива, не се издъни ни един път в предаването, за което можем да я поздравим.

Виж ти, колко интересно. Веднага се усеща животворящият ефект от любителската критика

avtohton.org написа: ↑04 Юли 2023, 08:58 Аз бях баннат след една молба за цитат на публикация от Българска Наука. (ако така се правеше наука, пази боже)..

На мен ми се струва, че те баннаха, след като цитира Райх за сръбските проби и връзката им с траките. Което не остана незабелязано, бъди сигурен

Жертва пред олтара на науката, така да се каже.

avtohton.org написа: ↑04 Юли 2023, 08:58
Tantin написа: ↑04 Юли 2023, 07:11 Излязоха данните от сума ти Балкански и източно-Европейски проби.
Има ли линк?

Това са данните:
https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB62503

Тука са конвертирани в Плинк:

https://drive.google.com/drive/folders/ ... 1wpGfJvj8F

G25 coordinates

https://www.academia.edu/21419610/Archa ... 0_1_2_1_31

Статията на Даниела Агре за Лозянската могила.

И още една добра публикация за подобни:
https://www.academia.edu/27391640/Early ... ars_later_

На първо четене като че ли не се усеща завишен Кавказ. Може би пробите са твърде ранни.

Tantin написа: ↑04 Юли 2023, 10:35
avtohton.org написа: ↑04 Юли 2023, 08:58
Tantin написа: ↑04 Юли 2023, 07:11 Излязоха данните от сума ти Балкански и източно-Европейски проби.
Има ли линк?
Това са данните:
https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB62503

Тука са конвертирани в Плинк:

https://drive.google.com/drive/folders/ ... 1wpGfJvj8F

G25 coordinates

Благодаря.

Съвременните българи подозрително изглеждат като смесица от стари балканци. Някои стари проби даже са си близки до съвременните българи, което е логично, ако още тогава са били смесени земеделци и ямненци. Тук по средата без етикети са съвременни българи, IS1 е Иван Стаменов.

Форумът на Thorn

Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.

Re: Генетика и демография на българските земи. Въпрос.