Къде са се дянали прабългарите?

[Кухулин 2.0]

По-късно или утре ще пусна други резултати.

Интересно как се държи в по-сложни ситуации. Би ли пробвал тези два микса:

Hungary_Transtisza_LSarmation_EHun
Hungary_IA_LaTene
Russia_Sarmatian.SG

Hungary_DanubeTisza_LSarmation_EHun
Hungary_IA_LaTene
Russia_Sarmatian.SG

Това, впрочем, са най-модерните кандидати за прабългари.

Наличните в научен оборот средновековни български образци недвусмислено се свързват със сармати от постхунската епоха от днешна Унгария, вероятно с останките от Атиловите племена, както и с общности, интегрирани сред германците в Бавария – бавариите, и особено солидно с лангобардите в Унгария и Северна Италия.

[avtohton.org]

Друг пример, който е вдъхновен от Южната дъга - Turkey_Byzantine (византийци от днешна Турция, 13-14 век), Kazakhstan_Turk.SG (два индивида, 4-9 век от Тяншан), Turkish.HO (съвременни турци от всички региони). Отбелязвам, че target-ът е третата популация.



Също се вижда тренд, но не е толкова ясен, колкото при афроамериканците. В числа:

Код за потвърждение: Избери целия код

jmean:      8.608 std. err:      3.136 jmean (years):    249.632 std. err(years):     90.944

Предполагам, че казахстанските тюрки не са били най-добрият модел, понеже смесването излиза само преди 8-9 поколения. Но дава представа.

---------------------------------

Друг пример, вдъхновен от Ник Патерсън - Sardinian.HO, Karitiana.HO (индианци от Амазонка), Bulgarian.HO



Тренд вече почти няма. В числа:

Код за потвърждение: Избери целия код

jmean:     61.961 std. err:     29.238 jmean (years):   1796.869 std. err(years):    847.902

"Смесването" е било преди 1796 години, +- 847, т.е. преди Колумб Стандартната грешка е прекалено голяма, така че резултатите не са реални.

---------------------------------

Друг пример, от Кухулин - Kyrgyzstan_TianShan_Hun.SG, Bulgaria_EIA, Bulgarian.HO:

Код за потвърждение: Избери целия код

jmean:     27.100 std. err:      3.863 jmean (years):    785.900 std. err(years):    112.027

Това е интересно, излиза от Второто Българско Царство

1950 - 785 = 1165

Стандартната грешка е малка, в сравнение с изчислените поколения, тренд се вижда. Но пък избраните популации са от съвсем различни периоди, едната е early iron age, другата са "хуни". В примерите на Лазаридис и Патерсън се избират популации от едни и същи периоди.

---------------------------------

Ако заменим Bulgaria_EIA с Bulgaria_LateAntiquity, т.е. популациите са Kyrgyzstan_TianShan_Hun.SG, Bulgaria_LateAntiquity, Bulgarian.HO резултатът е:

Код за потвърждение: Избери целия код

jmean:    167.475 std. err:    155.061 jmean (years):   4856.775 std. err(years):   4496.769

т.е. смесване не се вижда.

---------------------------------

Ако се върнем към примера на Кухулин - Kyrgyzstan_TianShan_Hun.SG, Bulgaria_EIA, Bulgarian.HO, но заменим българите с албанци, т.е. Kyrgyzstan_TianShan_Hun.SG Bulgaria_EIA Albanian.HO, получаваме:

Код за потвърждение: Избери целия код

jmean:     30.234 std. err:      8.915 jmean (years):    876.786 std. err(years):    258.535

т.е. подобен резултат като за българите.

[avtohton.org]

Интересно как се държи в по-сложни ситуации. Би ли пробвал тези два микса:

Hungary_Transtisza_LSarmation_EHun
Hungary_IA_LaTene
Russia_Sarmatian.SG

Hungary_DanubeTisza_LSarmation_EHun
Hungary_IA_LaTene
Russia_Sarmatian.SG

За f3(Hungary_Transtisza_LSarmation_EHun, Hungary_IA_LaTene, Russia_Sarmatian.SG) резултатът е положителен, т.е. няма индикация за смесване. За Hungary_DanubeTisza_LSarmation_EHun - още повече. Т.е. няма какво да ги гледам в DATES - смесване не открива дори ф3.

Това, впрочем, са най-модерните кандидати за прабългари.

Наличните в научен оборот средновековни български образци недвусмислено се свързват със сармати от постхунската епоха от днешна Унгария, вероятно с останките от Атиловите племена, както и с общности, интегрирани сред германците в Бавария – бавариите, и особено солидно с лангобардите в Унгария и Северна Италия.

Приличаш ми на малко по-добра версия на Южняка, извинявам се за грубите думи. Минава ми меракът да обсъждаме въобще нещо. Ще обясня защо.

* Магическото дуо Чобанов-Стамов сменят версиите за "кои са прабългарите" веднъж на месец-два. Не мисля че има смисъл да давам примери.

* Стамов в последното си интервю обясни, че действията им са политически мотивирани. Обяснението беше дълго и изчерпателно, между горе-долу 4:30 и 10-а минута от видеото. "Историята е слугиня на политиката", "ние си оставаме в рамките на политиката" и т.н.

* Последната версия на Стамов е за някакви сармати от днешна Унгария, за които доскоро никой не говореше. Както се вижда от името на популациите в базата данни на Райк, това не са дори археологически идентифицирани сармати, понеже името включва "early Hun", т.е. става дума за епохи - "late Sarmatian / early Hun". Същото е като "early Avar" и т.н. - става дума за периоди, не за етноси или дори за археологически култури. Стамов нарочно или неволно тези неща ги игнорира, нарича тези индивиди "сармати", обявява ги за ираноезични и за прабългари.

* Коментарите на Стамов и Чобанов за унгарски сармати са политически мотивирани, от генетика те не разбират, на Стамов в този форум му показах поне 5 грешки, които правеше при работа с ADMIXTOOLS 2, всичките негови генетически наблюдения са или по политически причини, или по неспособност да работи с данните.

* Ти ми цитираш интервю на Чобанов - https://www.24chasa.bg/mneniya/article/14315324 , което аз специално съм коментирал в блога си. Твърдението му за "недвусмислено свързване" е на базата генетика, и това са празни приказки - той няма и грам понятие от генетика. За разлика от Стамов, той дори не може да пусне някакъв анализ, макар и грешен. Когато той чете чужди статии на генетическа тематика, не ги разбира.

* Ти тука имаше някаква версия за "снежна топка" и за различие между елит и простолюдие, което изглеждаше като твоя отделна идея, заедно с ростовските хуни. Обаче после вкарваш пак чобанизми, т.е. аз не знам какво обсъждаме въобще. Ако ще се занимаваме с чобанизми, аз не участвам.

[Кухулин 2.0]

За f3(Hungary_Transtisza_LSarmation_EHun, Hungary_IA_LaTene, Russia_Sarmatian.SG) резултатът е положителен, т.е. няма индикация за смесване. За Hungary_DanubeTisza_LSarmation_EHun - още повече. Т.е. няма какво да ги гледам в DATES - смесване не открива дори ф3.

Липса на ф3-сигнал не означава липса на смесване. Иначе при мен Транстиса е с много слаба отрицателна стойност (z = -0.33). Интересно защо така.

Минава ми меракът да обсъждаме въобще нещо.

Е, никой не кара никого насила. Ако ти е интересно - обсъждаш, ако не ти е интересно - не обсъждаш. Обаче ако не ти е интересно да обсъждаш чужди хипотези, а само своята... хм.

Магическото дуо Чобанов-Стамов сменят версиите за "кои са прабългарите" веднъж на месец-два.

Това по принцип е хубаво - може да говори за по-добро вникване в проблематиката. Дали конкретният случай е такъв... трудно ми е да преценя.

Както се вижда от името на популациите в базата данни на Райк, това не са дори археологически идентифицирани сармати

Археологически са сармати (с някои особености). В БГ Наука имаше лека дискусия по този повод.

The burial customs are in accordance with the usual Sarmatian rites in the Carpathian Basin: the graves were orientated south-north, the deceased were laying in shallow, rectangular pits (in 23 cases in a coffin), and 11 of the 38 burials were enclosed by circular ditches. The graves formed eastwest oriented rows. A large amount (approximately three quarters) of the graves were disturbed in ancient times, which is also a typical phenomenon in Sarmatian period burial places. The grave goods included ceramic vessels, some tools (iron knives and spindle whorls), clothing accessories and jewels (belt buckles, earrings, brooches, pendants, and beads sewn on the cloths or worn in the neck). Some of the buried items reveal cultural connections with the late phase of the eastern European Černjachov/Sântana de Mureș culture.

https://www.forumnauka.bg/topic/25388-p ... ent-580823

Там се лансираха някои хипотези за връзка със Сивашовка, но едва ли ще ти е интересно.

Коментарите на Стамов и Чобанов за унгарски сармати са политически мотивирани, от генетика те не разбират, на Стамов в този форум му показах поне 5 грешки, които правеше при работа с ADMIXTOOLS 2, всичките негови генетически наблюдения са или по политически причини, или по неспособност да работи с данните.

Е, хм. По принцип ми е трудно да те опровергая, макар че много бих искал.

https://www.forumnauka.bg/topic/25388-p ... ent-580558

Ти тука имаше някаква версия за "снежна топка" и за различие между елит и простолюдие, което изглеждаше като твоя отделна идея, заедно с ростовските хуни.

Идеята за "снежна топка" не е моя, но я подкрепям. Лично аз съм я възприел от уважаемия Атом.

Въпросът с "ростовския хун" е много сложен и много гнил на ниво "официална наука". Помъчихме се да го разчовъркаме до корен и ми се струва, че успяхме. За твое сведение сегашният му етикет в базата е лепнат след трето (фалшиво) археологическо предатиране 12-14 век. Оригиналният му етикет в 137 генома е "оногур булгар"

[Кухулин 2.0]

А доколкото имам впечатления, идеята за генетична връзка с панонските елементи се е родила от тази диаграма:



Интересно ми е ти какво мислиш за нея?

[Tantin]

Приличаш ми на малко по-добра версия на Южняка, извинявам се за грубите думи. Минава ми меракът да обсъждаме въобще нещо. Ще обясня защо.

* Магическото дуо Чобанов-Стамов сменят версиите за "кои са прабългарите" веднъж на месец-два. Не мисля че има смисъл да давам примери.

* Последната версия на Стамов е за някакви сармати от днешна Унгария, за които доскоро никой не говореше. Както се вижда от името на популациите в базата данни на Райк, това не са дори археологически идентифицирани сармати, понеже името включва "early Hun", т.е. става дума за епохи - "late Sarmatian / early Hun". Същото е като "early Avar" и т.н. - става дума за периоди, не за етноси или дори за археологически култури. Стамов нарочно или неволно тези неща ги игнорира, нарича тези индивиди "сармати", обявява ги за ираноезични и за прабългари.

* Коментарите на Стамов и Чобанов за унгарски сармати са политически мотивирани, от генетика те не разбират, на Стамов в този форум му показах поне 5 грешки, които правеше при работа с ADMIXTOOLS 2, всичките негови генетически наблюдения са или по политически причини, или по неспособност да работи с данните.

Младежо, много прибързваш да правиш големи обобощения. Относно Чобанов - досега не съм го видял да извади каквито и да било генетически алгоритми, сметки и данни. Въпреки че участва тука по форумите ни, той не разбира много от анализите по генетиката. Просто не му е това в интересите.. Но пък ползва на готово и цитира разни данни от тука и там.. (най-вече от Южняка) .
Южняка си ги прави сметките, но това са си предимно работни хипотези. Досега колко официални публикации с неговото име? Тоест ние може да си приказваме тука разни неща, но това не се брои...Броят се официалните , публикуваните данни...
А такива от пре-принт (предварителни публикации за обсъждания) има колкото си искаш и те дори не стават за да бъдат цитирани тук и там...
Това е донякъде и грешката на Чобанов - че цитира в книгите си данни от такива "неофициални" и непубликувани изследвания.
Но дай да се разберем: книгите на Чобанов са "художествена литература", не са научна публикация и не отговарят на стандартите за научната публикация.. Всеки може да си напише книга и да я издаде тук и там.. Но това не са научни в строгия смисъл на думата..
Всичките тия интервюта и медийни изяви са за "популяризиране" на една или друга идея - но не са научни публикации.
Книгите на Живко Войников - също застъпват едни или други тези, но пак са повече от жанра на художествената литература, макар че доста се доближават до научната насоченост..
Трудно можем да наречем подобни дейности "политически".. В по-голяма степен това са самодейни изяви.. Художествена самодейност. Проява на авторска фантазия.. Ако обаче тезите им срещнат реалност и факти - то всеки един от тези художествени самодейци би могъл да се превърне и в сериозен учен, стига да не прекалява с фантазията си и да намери потвърждения и факти на база научните методи и данни.

[avtohton.org]

Както се вижда от името на популациите в базата данни на Райк, това не са дори археологически идентифицирани сармати

Археологически са сармати (с някои особености). В БГ Наука имаше лека дискусия по този повод.

The burial customs are in accordance with the usual Sarmatian rites in the Carpathian Basin: the graves were orientated south-north, the deceased were laying in shallow, rectangular pits (in 23 cases in a coffin), and 11 of the 38 burials were enclosed by circular ditches. The graves formed eastwest oriented rows. A large amount (approximately three quarters) of the graves were disturbed in ancient times, which is also a typical phenomenon in Sarmatian period burial places. The grave goods included ceramic vessels, some tools (iron knives and spindle whorls), clothing accessories and jewels (belt buckles, earrings, brooches, pendants, and beads sewn on the cloths or worn in the neck). Some of the buried items reveal cultural connections with the late phase of the eastern European Černjachov/Sântana de Mureș culture.

https://www.forumnauka.bg/topic/25388-p ... ent-580823

Отворих линка, благодаря, сам нямаше да тръгна да се ровя. Първата проба е A181021. На моите карти вече долу вляво има поле, където можеш да въвеждаш тези ID-та и те праща на съответната точка на картата. На картата, която намира най-близки по-стари проби, се вижда следното:

Предците на младата дама явно са живели в Унгария и северна Сърбия (Мокрин в Банат). Не са дошли от Казахстан или откъдето се смята, че са дошли "иранските сармати". Тази млада сарматка не е изключение, същото важи и за другите проби, които прегледах. Всичките имат най-близки предци в Унгария, Сърбия, Хърватска, а някои даже България и Македония:


Мокринците от Банат между другото са от преди 4000 г. са близки и до съврменните българи, което естествено никой друг не коментира, но се вижда на картата, която намира най-близки съвременни популации:


Самата млада "сарматка" пък е много близо до съвременните народи, които са съседни на Унгария:


Аз забелязах, че това важи май за повечето т.нар. "сармати" от Унгария - австрийците им излизат близки. Т.е. австрийците се оказват иранци, по Чобано-Стамовите логики. По моята логика, Австрия е съседна на Унгария, така че е нормално да очакваме подобни на тях хора в ранното Средновековие. Но в никакъв случай не бих ги нарекъл "ираноезични наследници на пришълци от степите".

Ето още един германо-подобен "ирански сармат", при когото се показват и днешните унгарци:


Тук пък срещаме българо-македоно-подобен "прабългарин", който за съжаление на Чобано-Стамовизма излиза малко по-близо до румънците:


След което ще мина към следващ твой въпрос.

[avtohton.org]

А доколкото имам впечатления, идеята за генетична връзка с панонските елементи се е родила от тази диаграма:



Интересно ми е ти какво мислиш за нея?

Имаме генетична връзка по балканска линия, според мен. Както показах по-горе, тези "сармати" са си чисти европейци, с предци от региона, и приличащи на съвременни народи от региона.

Ние географски сме близо до Панония, така че е очаквано да сме близо. Но румънците са малко по-близо. Май ползваш по-стара версия на данните на Eurogenes, аз ползвам тук версията от преди месец:


Както казах, австрийците се оказват ирански прабългари, според Чобано-Стамовизма. На всичкото отгоре румънците пак излязоха по-големи прабългари.

[avtohton.org]

Но дай да се разберем: книгите на Чобанов са "художествена литература", не са научна публикация и не отговарят на стандартите за научната публикация.. Всеки може да си напише книга и да я издаде тук и там.. Но това не са научни в строгия смисъл на думата..
Всичките тия интервюта и медийни изяви са за "популяризиране" на една или друга идея - но не са научни публикации.
Книгите на Живко Войников - също застъпват едни или други тези, но пак са повече от жанра на художествената литература, макар че доста се доближават до научната насоченост..
Трудно можем да наречем подобни дейности "политически".. В по-голяма степен това са самодейни изяви.. Художествена самодейност. Проява на авторска фантазия.. Ако обаче тезите им срещнат реалност и факти - то всеки един от тези художествени самодейци би могъл да се превърне и в сериозен учен, стига да не прекалява с фантазията си и да намери потвърждения и факти на база научните методи и данни.

Книгите на Чобанов са художествена литература, като книгите на Живко Войников - съгласен съм. Проблемът е, че той сам се представя като много голям учен, който прави достъпни резултати от "точна наука - генетиката", т.е. абсолютно нищо не си измисля, всичко е кристално ясно доказано. На всичкото отгоре гастролира по най-големите телевизии и множество по-малки такива, така че лъжите му достигат много повече хора от Войников.

Че това е политическа дейност си казва Стамов в интервюто, ето отново линк точно към момента, в който почва обясненията по същество.

[Tantin]

Книгите на Чобанов са художествена литература, като книгите на Живко Войников - съгласен съм. Проблемът е, че той сам се представя като много голям учен, който прави достъпни резултати от "точна наука - генетиката", т.е. абсолютно нищо не си измисля, всичко е кристално ясно доказано. На всичкото отгоре гастролира по най-големите телевизии и множество по-малки такива, така че лъжите му достигат много повече хора от Войников.

- Точно така, тия с многото интервюта дори не могат да бъдат наричани сериозни учени. Ако не се лъжа Павел Серафимов - Спарток дава дори повече интервюта и е изписал безброй блог-публикации. Но какво от това?

Че това е политическа дейност си казва Стамов в интервюто, ето отново линк точно към момента, в който почва обясненията по същество.

Точно по тая част, че историята била "политически" мотивирана или подобно - Стамов много мъгливо го изказва и още по-нескопосано го доказва. Не виждам какво има да му коментираме. Ти излишно му се впрягаш. Едно време подобни щуротии се учиха по "Научен Комунизъм", "Марксиско-Ленинска Философия" и подобни дисциплини. Стамов прави някаква сглобка от тия му познания и новото от университета Дюк.

[avtohton.org]

Книгите на Чобанов са художествена литература, като книгите на Живко Войников - съгласен съм. Проблемът е, че той сам се представя като много голям учен, който прави достъпни резултати от "точна наука - генетиката", т.е. абсолютно нищо не си измисля, всичко е кристално ясно доказано. На всичкото отгоре гастролира по най-големите телевизии и множество по-малки такива, така че лъжите му достигат много повече хора от Войников.

- Точно така, тия с многото интервюта дори не могат да бъдат наричани сериозни учени. Ако не се лъжа Павел Серафимов - Спарток дава дори повече интервюта и е изписал безброй блог-публикации. Но какво от това?

Лъжеш се - Павел Серафимов - Спарток дава много малко интервюта, аз съм виждал само две негови, едно по голяма телевизия, друго по малка. Изписал е безброй блог-публикации, без да претендира да е голям учен, без да претендира да е голям генетик, без да получава държавни пари.

[Thorn]

Оставаше и да претендира с жалките си интерпретации.

[Кухулин 2.0]

Имаме генетична връзка по балканска линия, според мен.

Аз също съм на мнение, че приликата на Транстиса с българите е по "европейска линия". По-точно, на мен ми се струва, че Транстиса са микс между местни унгарци и някакви други (славяни + х?), а българите са микс от местни балканци и някакви други (славяни + y?). В тази неизвестна величина y може да има някакви Транстиса по хунска линия (Денгизих, Ернак), но едва ли са значителна част.

На Южняка му се струва, че българите са микс между голямо количество Транстиса (близки до местните балканци) и някакви други. В тези други влиза и предполагаемият кавказки компонент. Фактически масов екзодус на Транстиса към Черно море след смъртта на Атила. Изглежда и д-р Чобанов споделя този възглед. Аз не намирам основания за такъв модел в генетичните данни.

И тук идва въросът каква точно е връзката между тези "местну унгарци" и "местните балканци". В който потенциално много
важен въпрос се намесват пробите от Фоньод, но това по-нататък.

Както показах по-горе, тези "сармати" са си чисти европейци, с предци от региона, и приличащи на съвременни народи от региона.

Безспорно са много близки до местното население, но имат и чужд компонент. Оригиналното изследване също го отбелязва:

Comparing within the Carpathian Basins’ ancient populations available (hereafter refer to as “local” populations), the 16 newly analyzed 4th–5th century CE late Sarmatian/Hunnic-period individuals fall close to but deviate from the 8th–4th century BCE individuals of the region (Carpathian_Basin_IA) and are closer but only partially overlapping to the 6th century CE Longobard-period ones (Amorim et al., 2018). Among the late Sarmatian-period individuals the ones from Transtisza (LS_P_Transtisza_4-5c) overlap with the Szolad_others_6c group, the ones from DTI (LS_P_DTI_4-5c) are still closest to LS_P_Transtisza_4-5c individuals but shifted toward Hun_P_NTransdanubia_5c and the Iron Age groups from the steppes (IA_PonticSteppe_4cBCE and IA_SouthernUrals_5cBCE) (Damgaard et al., 2018; Gnecchi-Ruscone et al., 2021; Krzewińska et al., 2018; Unterländer et al., 2017). These observations on PCA are supported and confirmed by the qpWave/qpAdm modeling of LS_P_Transtisza_4-5c and LS_P_DTI_4-5c (Figure S5C).

https://www.cell.com/cell/fulltext/S009 ... all%3Dtrue

Въпросът с кого точно са се омешали местните, за да дадат тези археологически сармати, е любопитен и потенциално важен за прабългарската тема.

[Кухулин 2.0]

На картата, която намира най-близки по-стари проби, се вижда следното:

Доста удобно, мерси.

[avtohton.org]

Имаме генетична връзка по балканска линия, според мен.

Аз също съм на мнение, че приликата на Транстиса с българите е по "европейска линия". По-точно, на мен ми се струва, че Транстиса са микс между местни унгарци и някакви други (славяни + х?), а българите са микс от местни балканци и някакви други (славяни + y?).

В никакви данни не се вижда българите да са микс от местни балканци и някакви други. Кои са тези други, дай да ги намерим с f3, qpadm, DATES.

Ти пусна цитат от публикацията за "късните сармати/ранни хуни", в който четем, че:

Among the late Sarmatian-period individuals the ones from Transtisza (LS_P_Transtisza_4-5c) overlap with the Szolad_others_6c group

Тук трябва да направим разлика между Szolad_south_6c и Szolad_others_6c. Едните са по-"югоизточни", като южни италианци и гърци, другите са повече в посока северозапад. Т.е. "сарматите" са повече в посока северозапад, към Австрия и Германия, както вече писах. И по-далеч от Кавказ и Азия. Това се вижда на Figure S1:



Това за мен са толкова "сармати", колкото Szolad_south_6c са "лангобарди". Просто са живели в тези периоди.

[Кухулин 2.0]

В никакви данни не се вижда българите да са микс от местни балканци и някакви други. Кои са тези други, дай да ги намерим с f3, qpadm, DATES.

Ами добре, дай да видим дали ще излезе нещо от наличните проби. Аз ще поровя статистиките, а ти виж дали няма да изскочи нещо в DATES. За начало няколко слаби сигнала между траки и славяни:



Пробвай, който прецениш.

Код за потвърждение: Избери целия код

> p1 = c('Bulgarian.HO')
> p2 = c('Bulgaria_EIA',
+        'Bulgaria_IA',
+        'Bulgaria_LIA',
+        'Bulgaria_LateAntiquity',
+        'Albania_BA_IA',
+        'Macedonia_IA')
> p3 = c('Czech_EarlySlav.SG',
+        'Hungary_Avar_5',
+        'Hungary_Avar_5_daughter.or.mother.AV1',
+        'Russia_Sunghir_Medieval.SG',
+        'Turkey_Byzantine_oEuropean',
+        'Croatia_Medieval_o')
> f2_blocks = f2_from_geno('C:/AdmixTools/Dataset/v54.1.p1_HO_public', maxmiss = 1, pops = c(p1, p2, p3))
ℹ Reading allele frequencies from packedancestrymap files...
ℹ v54.1.p1_HO_public.geno has 20503 samples and 597573 SNPs
ℹ Calculating allele frequencies from 50 samples in 13 populations
ℹ Expected size of allele frequency data: 129 MB
597k SNPs read...
✔ 597573 SNPs read in total
! 593124 SNPs remain after filtering. 421237 are polymorphic.
ℹ Allele frequency matrix for 593124 SNPs and 13 populations is 104 MB
ℹ Computing pairwise f2 for all SNPs and population pairs requires 2714 MB RAM without splitting
ℹ Computing without splitting since 2714 < 8000 (maxmem)...
ℹ Returning f2 blocks
Warning message:
In f2_from_geno("C:/AdmixTools/Dataset/v54.1.p1_HO_public", maxmiss = 1,  :
  Discarding 26 block(s) due to missing values!
Discarded block(s): 46, 53, 83, 171, 188, 197, 208, 239, 267, 283, 309, 320, 396, 410, 481, 484, 510, 533, 534, 535, 561, 614, 635, 641, 654, 655
> f3_Bulgar = f3(f2_blocks, p1, p2, p3)
> f3_Bulgar[order(f3_Bulgar$z),]
# A tibble: 36 × 7
   pop1         pop2                   pop3                                        est       se       z     p
   <chr>        <chr>                  <chr>                                     <dbl>    <dbl>   <dbl> <dbl>
 1 Bulgarian.HO Bulgaria_EIA           Czech_EarlySlav.SG                    -0.00127  0.000814 -1.56   0.120
 2 Bulgarian.HO Bulgaria_EIA           Russia_Sunghir_Medieval.SG            -0.000304 0.000246 -1.23   0.217
 3 Bulgarian.HO Macedonia_IA           Russia_Sunghir_Medieval.SG            -0.000199 0.000229 -0.869  0.385
 4 Bulgarian.HO Bulgaria_LIA           Russia_Sunghir_Medieval.SG            -0.000367 0.000645 -0.569  0.569
 5 Bulgarian.HO Bulgaria_LIA           Croatia_Medieval_o                    -0.000372 0.000692 -0.538  0.591
 6 Bulgarian.HO Bulgaria_LateAntiquity Hungary_Avar_5_daughter.or.mother.AV1 -0.000439 0.00112  -0.394  0.694
 7 Bulgarian.HO Bulgaria_IA            Czech_EarlySlav.SG                    -0.000549 0.00187  -0.294  0.769
 8 Bulgarian.HO Bulgaria_LateAntiquity Hungary_Avar_5                        -0.000106 0.00109  -0.0971 0.923
 9 Bulgarian.HO Bulgaria_LateAntiquity Czech_EarlySlav.SG                     0.00151  0.00473   0.320  0.749
10 Bulgarian.HO Bulgaria_IA            Russia_Sunghir_Medieval.SG             0.000257 0.000558  0.460  0.646
# ℹ 26 more rows
# ℹ Use `print(n = ...)` to see more rows
> 

Пускам ги през ф2 блоковете, защото Южняка оттатък правилно забеляза някои бъгове директно от базата.

[avtohton.org]

В никакви данни не се вижда българите да са микс от местни балканци и някакви други. Кои са тези други, дай да ги намерим с f3, qpadm, DATES.

Ами добре, дай да видим дали ще излезе нещо от наличните проби. Аз ще поровя статистиките, а ти виж дали няма да изскочи нещо в DATES. За начало няколко слаби сигнала между траки и славяни:



Пробвай, който прецениш.

Код за потвърждение: Избери целия код

> p1 = c('Bulgarian.HO')
> p2 = c('Bulgaria_EIA',
+        'Bulgaria_IA',
+        'Bulgaria_LIA',
+        'Bulgaria_LateAntiquity',
+        'Albania_BA_IA',
+        'Macedonia_IA')
> p3 = c('Czech_EarlySlav.SG',
+        'Hungary_Avar_5',
+        'Hungary_Avar_5_daughter.or.mother.AV1',
+        'Russia_Sunghir_Medieval.SG',
+        'Turkey_Byzantine_oEuropean',
+        'Croatia_Medieval_o')
> f2_blocks = f2_from_geno('C:/AdmixTools/Dataset/v54.1.p1_HO_public', maxmiss = 1, pops = c(p1, p2, p3))
ℹ Reading allele frequencies from packedancestrymap files...
ℹ v54.1.p1_HO_public.geno has 20503 samples and 597573 SNPs
ℹ Calculating allele frequencies from 50 samples in 13 populations
ℹ Expected size of allele frequency data: 129 MB
597k SNPs read...
✔ 597573 SNPs read in total
! 593124 SNPs remain after filtering. 421237 are polymorphic.
ℹ Allele frequency matrix for 593124 SNPs and 13 populations is 104 MB
ℹ Computing pairwise f2 for all SNPs and population pairs requires 2714 MB RAM without splitting
ℹ Computing without splitting since 2714 < 8000 (maxmem)...
ℹ Returning f2 blocks
Warning message:
In f2_from_geno("C:/AdmixTools/Dataset/v54.1.p1_HO_public", maxmiss = 1,  :
  Discarding 26 block(s) due to missing values!
Discarded block(s): 46, 53, 83, 171, 188, 197, 208, 239, 267, 283, 309, 320, 396, 410, 481, 484, 510, 533, 534, 535, 561, 614, 635, 641, 654, 655
> f3_Bulgar = f3(f2_blocks, p1, p2, p3)
> f3_Bulgar[order(f3_Bulgar$z),]
# A tibble: 36 × 7
   pop1         pop2                   pop3                                        est       se       z     p
   <chr>        <chr>                  <chr>                                     <dbl>    <dbl>   <dbl> <dbl>
 1 Bulgarian.HO Bulgaria_EIA           Czech_EarlySlav.SG                    -0.00127  0.000814 -1.56   0.120
 2 Bulgarian.HO Bulgaria_EIA           Russia_Sunghir_Medieval.SG            -0.000304 0.000246 -1.23   0.217
 3 Bulgarian.HO Macedonia_IA           Russia_Sunghir_Medieval.SG            -0.000199 0.000229 -0.869  0.385
 4 Bulgarian.HO Bulgaria_LIA           Russia_Sunghir_Medieval.SG            -0.000367 0.000645 -0.569  0.569
 5 Bulgarian.HO Bulgaria_LIA           Croatia_Medieval_o                    -0.000372 0.000692 -0.538  0.591
 6 Bulgarian.HO Bulgaria_LateAntiquity Hungary_Avar_5_daughter.or.mother.AV1 -0.000439 0.00112  -0.394  0.694
 7 Bulgarian.HO Bulgaria_IA            Czech_EarlySlav.SG                    -0.000549 0.00187  -0.294  0.769
 8 Bulgarian.HO Bulgaria_LateAntiquity Hungary_Avar_5                        -0.000106 0.00109  -0.0971 0.923
 9 Bulgarian.HO Bulgaria_LateAntiquity Czech_EarlySlav.SG                     0.00151  0.00473   0.320  0.749
10 Bulgarian.HO Bulgaria_IA            Russia_Sunghir_Medieval.SG             0.000257 0.000558  0.460  0.646
# ℹ 26 more rows
# ℹ Use `print(n = ...)` to see more rows
> 

Пускам ги през ф2 блоковете, защото Южняка оттатък правилно забеляза някои бъгове директно от базата.

Сигналите са прекалено слаби, най-ниското p е 0.12. Това означава "12% вероятност да е чиста случайност". Дай да намерим поне p<0.01, за да говорим за "истински" сигнал.

[Кухулин 2.0]

Сигналите са прекалено слаби, най-ниското p е 0.12. Това означава "12% вероятност да е чиста случайност". Дай да намерим поне p<0.01, за да говорим за "истински" сигнал.

Е нищо де, какво като са слаби. Може пък да са реални. Ти виж какво ще изкара DATES. Ако ти се занимава, разбира се.

[avtohton.org]

Сигналите са прекалено слаби, най-ниското p е 0.12. Това означава "12% вероятност да е чиста случайност". Дай да намерим поне p<0.01, за да говорим за "истински" сигнал.

Е нищо де, какво като са слаби. Може пък да са реални. Ти виж какво ще изкара DATES. Ако ти се занимава, разбира се.

Резултатите за Russia_Sunghir_Medieval.SG, Bulgaria_EIA, Bulgarian.HO са:

Код за потвърждение: Избери целия код

jmean:     22.992 std. err:      9.050 jmean (years):    666.768 std. err(years):    262.450

Смесване преди около 666 г. (кръгло число), +- 262. Прекалено голяма стандартна грешка.

Едно изчисление на 3 популации с DATES отнема към 10 минути на моя лаптоп, не ми се занимава с още много такива.

[Кухулин 2.0]

Едно изчисление на 3 популации с DATES отнема към 10 минути на моя лаптоп, не ми се занимава с още много такива.

Ясно.

Ако си разучил по-дълбоко тази технология, имам питане: могат ли да се разраничават две и повече смесвания във времето? Да приемем две вливания на една и съща популация в българите, примерно 500 г. и 1000 г. В диаграмата с дължината на сегментите трябва да се образува някаква вълна, вероятно с два пика. Това би трябвало да се хваща статистически. Доколкото знам, DATES ползва разлагане по Фурие, тъй че принципно може да има такава възможност. От друга страна, ако просто търси корелация, вероятно в този сценарий ще даде някаква усреднена датировка 750 г. Тествал ли си такива неща?